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今年の11月に起業したばかりの新人経営者です
経理の事は日々勉強中ですが、疑問点があり質問させていただきました

サラリーマン時代に、年末になると、
給与所得者の扶養控除等申告書と保険料控除申告書(生命保険のはがき添付)を
書いて、会社に提出した記憶があります。
この申告書は社内保管と聞きました。
12月の給与の時に年末調整分として、お金が戻ってきました。

この戻ってきたお金とはどこから出てきたお金なのでしょうか？会社のお金でしょうか？
よく確定申告をしたら、いくらか還付金(徴収される場合もある)があると聞きますが、これとはまた違うのでしょうか？

今年の11月に起業したばかりの新人経営者です
経理の事は日々勉強中ですが、疑問点があり質問させていただきました

サラリーマン時代に、年末になると、
給与所得者の扶養控除等申告書と保険料控除申告書(生命保険のはがき添付)を
書いて、会社に提出した記憶があります。
この申告書は社内保管と聞きました。
12月の給与の時に年末調整分として、お金が戻ってきました。

この戻ってきたお金とはどこから出てきたお金なのでしょうか？会社のお金でしょうか？
よく確定申告をしたら、いくらか還付金(徴収される場合もある)があると聞きますが、これとはまた違うのでしょうか？

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還付金は会社が負担するわけではありません。

Ｂ社がＡ社分と合算して（Ｂ社が徴収した税額以上に）還付しますが、それはあくまでも「税務署が還付する金額を一時的に会社が立替えているだけ」という解釈をしてください。

そして立替えた金額は1月以降に徴収し納付すべき源泉税を納付せずにおくことで回収するということになります。あとで税務署から返してもらうのですからＡ社分とかＢ社分とかは関係ありません。

還付金は会社が負担するわけではありません。

Ｂ社がＡ社分と合算して（Ｂ社が徴収した税額以上に）還付しますが、それはあくまでも「税務署が還付する金額を一時的に会社が立替えているだけ」という解釈をしてください。

そして立替えた金額は1月以降に徴収し納付すべき源泉税を納付せずにおくことで回収するということになります。あとで税務署から返してもらうのですからＡ社分とかＢ社分とかは関係ありません。