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本社と事業所は別の会社なのですか？
それとも本店と支店の関係で同じ会社なのですか？
また、計算業務は本社でやるということですが、給与を支払うのは誰なのですか？
支払者が徴収義務者ですから、書いてあるとおり、「支払事務」を行うのは誰かであって、「計算事務」はどこでやっても関係ないです。

本社と事業所は別の会社なのですか？
それとも本店と支店の関係で同じ会社なのですか？
また、計算業務は本社でやるということですが、給与を支払うのは誰なのですか？
支払者が徴収義務者ですから、書いてあるとおり、「支払事務」を行うのは誰かであって、「計算事務」はどこでやっても関係ないです。

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源泉所得税の納税地は支払事務を行う場所です。１法人につきたくさんあることもあります。

結局のところ源泉所得税の税務調査のときには当然資料のある場所でやるわけなので、その資料がそろっている場所を支払事務所の所在地として届ければ間題ないと思います。

以下所得税法の引用
（源泉徴収に係る所得税の納税地）
第17条　第28条第１項（給与所得）に規定する給与等の支払をする者その他第４編第１章から第６章まで（源泉徴収）に規定する支払をする者のその支払につき源泉徴収をすべき所得税の納税地は、その者の事務所、事業所その他これらに準ずるものでその支払事務を取り扱うもののその支払の日における所在地とする。ただし、公社債の利子、内国法人が支払う利益の配当その他の政令で定めるものについては、その支払をする者の本店又は主たる事務所の所在地その他の政令で定める場所とする。

源泉所得税の納税地は支払事務を行う場所です。１法人につきたくさんあることもあります。

結局のところ源泉所得税の税務調査のときには当然資料のある場所でやるわけなので、その資料がそろっている場所を支払事務所の所在地として届ければ間題ないと思います。

以下所得税法の引用
（源泉徴収に係る所得税の納税地）
第17条　第28条第１項（給与所得）に規定する給与等の支払をする者その他第４編第１章から第６章まで（源泉徴収）に規定する支払をする者のその支払につき源泉徴収をすべき所得税の納税地は、その者の事務所、事業所その他これらに準ずるものでその支払事務を取り扱うもののその支払の日における所在地とする。ただし、公社債の利子、内国法人が支払う利益の配当その他の政令で定めるものについては、その支払をする者の本店又は主たる事務所の所在地その他の政令で定める場所とする。

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