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せっかくなので、探し方を示しつつ、回答してみます。

まず、国税庁のタックスアンサーから、該当のものを探してみます。
今回のケースは、以下の「サラリーマンで確定申告が必要な人」に該当します。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1900.htm

この中の、確定申告しなければならない人として、「4　同族会社の役員などで、その同族会社から貸付金の利子や資産の賃貸料などを受け取っている人」の事ですよね。

タックスアンサーでは、一番下に、該当の条文等が示されていますので、まずは、所得税法第１２１条を以下のサイトで探してみます。
http://law.e-gov.go.jp/cgi-bin/idxsearch.cgi

該当の条文を掲げてみますね。


（確定所得申告を要しない場合）
第百二十一条 　その年において給与所得を有する居住者で、その年中に支払を受けるべき第二十八条第一項（給与所得）に規定する給与等（以下この項において「給与等」という。）の金額が二千万円以下であるものは、次の各号のいずれかに該当する場合には、前条第一項の規定にかかわらず、その年分の課税総所得金額及び課税山林所得金額に係る所得税については、同項の規定による申告書を提出することを要しない。ただし、不動産その他の資産をその給与所得に係る給与等の支払者の事業の用に供することによりその対価の支払を受ける場合その他の政令で定める場合は、この限りでない。
（以下省略）


上記の、下の方のただし書き以降に、確定申告を要しない場合の例外を政令で定めている旨を示しています。
政令というのは、この場合、所得税法施行令の事を指していますので、タックスアンサーの一番下にある、所得税法施行令（262の2）を再び、上記サイトで探す事となります。

以下に、該当の条文を掲げます。


（給与所得以外の所得が少額であつても確定申告書の提出を要する場合）
第二百六十二条の二 　法第百二十一条第一項 （確定所得申告を要しない場合）に規定する政令で定める場合は、次に掲げる者がその者に係る第一号に規定する法人から、法第二十八条第一項 （給与所得）に規定する給与等のほか、当該法人の事業に係る貸付金の利子又は不動産、動産、営業権その他の資産を当該事業の用に供することによる対価の支払を受ける場合とする。
一 　法第百五十七条第一項第一号 （同族会社の行為又は計算の否認）に規定する同族会社である法人の役員
二 　前号の役員の親族であり又はあつた者
三 　第一号の役員とまだ婚姻の届出をしないが事実上婚姻関係と同様の事情にあり又はあつた者
四 　第一号の役員から受ける金銭その他の資産によつて生計を維持している者


上記の条文により、同族会社の役員等については、少額であっても、貸付金利息等を会社からもらっている場合には、確定申告しなければならない事となります。

上記所得税法施行令で、社員については特に言及していませんので、役員の親族等でない限りは、少額であれば、確定申告の提出は要しない事となります。

それと、一応念のため、これは、確定申告の提出を要しないというだけであり、所得である事には変わりありませんので、ひとたび、その社員の方が、医療費控除や住宅取得控除等のために確定申告される場合には、それも所得に含めて申告すべき事とはなります。

せっかくなので、探し方を示しつつ、回答してみます。

まず、国税庁のタックスアンサーから、該当のものを探してみます。
今回のケースは、以下の「サラリーマンで確定申告が必要な人」に該当します。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1900.htm

この中の、確定申告しなければならない人として、「4　同族会社の役員などで、その同族会社から貸付金の利子や資産の賃貸料などを受け取っている人」の事ですよね。

タックスアンサーでは、一番下に、該当の条文等が示されていますので、まずは、所得税法第１２１条を以下のサイトで探してみます。
http://law.e-gov.go.jp/cgi-bin/idxsearch.cgi

該当の条文を掲げてみますね。


（確定所得申告を要しない場合）
第百二十一条 　その年において給与所得を有する居住者で、その年中に支払を受けるべき第二十八条第一項（給与所得）に規定する給与等（以下この項において「給与等」という。）の金額が二千万円以下であるものは、次の各号のいずれかに該当する場合には、前条第一項の規定にかかわらず、その年分の課税総所得金額及び課税山林所得金額に係る所得税については、同項の規定による申告書を提出することを要しない。ただし、不動産その他の資産をその給与所得に係る給与等の支払者の事業の用に供することによりその対価の支払を受ける場合その他の政令で定める場合は、この限りでない。
（以下省略）


上記の、下の方のただし書き以降に、確定申告を要しない場合の例外を政令で定めている旨を示しています。
政令というのは、この場合、所得税法施行令の事を指していますので、タックスアンサーの一番下にある、所得税法施行令（262の2）を再び、上記サイトで探す事となります。

以下に、該当の条文を掲げます。


（給与所得以外の所得が少額であつても確定申告書の提出を要する場合）
第二百六十二条の二 　法第百二十一条第一項 （確定所得申告を要しない場合）に規定する政令で定める場合は、次に掲げる者がその者に係る第一号に規定する法人から、法第二十八条第一項 （給与所得）に規定する給与等のほか、当該法人の事業に係る貸付金の利子又は不動産、動産、営業権その他の資産を当該事業の用に供することによる対価の支払を受ける場合とする。
一 　法第百五十七条第一項第一号 （同族会社の行為又は計算の否認）に規定する同族会社である法人の役員
二 　前号の役員の親族であり又はあつた者
三 　第一号の役員とまだ婚姻の届出をしないが事実上婚姻関係と同様の事情にあり又はあつた者
四 　第一号の役員から受ける金銭その他の資産によつて生計を維持している者


上記の条文により、同族会社の役員等については、少額であっても、貸付金利息等を会社からもらっている場合には、確定申告しなければならない事となります。

上記所得税法施行令で、社員については特に言及していませんので、役員の親族等でない限りは、少額であれば、確定申告の提出は要しない事となります。

それと、一応念のため、これは、確定申告の提出を要しないというだけであり、所得である事には変わりありませんので、ひとたび、その社員の方が、医療費控除や住宅取得控除等のために確定申告される場合には、それも所得に含めて申告すべき事とはなります。

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ありがとうございました。
参考になりました。

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