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原則としてはその年内に支給した実際額で計算することになりま、すので例えば末締め翌１０日払いといった給与体系ですと、12/31段階で未払の給与が発生しますが、この分は年末調整の計算に入れません。あくまでも12/31までに実際支払われた金額で計算することになりますので、１月に支給される給与については本来ならば来年の年末調整の対象になります。
しかし会社によってはずっとこの分を含めて計算しているところもありますし(２月支給分〜翌年１月支給分で計算)、ずっとそうやってきたのであれば同様の処理をすればいいことになります。この場合年末調整を行って還付(追徴)が発生していれば、１月の源泉徴収と合算することになると思います(月々の源泉徴収額が10円で、１円還付金が発生しているなら１月度支給分からは９円の徴収をすればいいことになります)。

もしbichoさんのおっしゃる「未払いの給与」が、もし資金調達上支払いできなかった役員給与のことでしたら、実際支払えていなくとも源泉徴収しておくべきで、未徴収額があること自体がおかしいということになると思います。

原則としてはその年内に支給した実際額で計算することになりま、すので例えば末締め翌１０日払いといった給与体系ですと、12/31段階で未払の給与が発生しますが、この分は年末調整の計算に入れません。あくまでも12/31までに実際支払われた金額で計算することになりますので、１月に支給される給与については本来ならば来年の年末調整の対象になります。
しかし会社によってはずっとこの分を含めて計算しているところもありますし(２月支給分〜翌年１月支給分で計算)、ずっとそうやってきたのであれば同様の処理をすればいいことになります。この場合年末調整を行って還付(追徴)が発生していれば、１月の源泉徴収と合算することになると思います(月々の源泉徴収額が10円で、１円還付金が発生しているなら１月度支給分からは９円の徴収をすればいいことになります)。

もしbichoさんのおっしゃる「未払いの給与」が、もし資金調達上支払いできなかった役員給与のことでしたら、実際支払えていなくとも源泉徴収しておくべきで、未徴収額があること自体がおかしいということになると思います。

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給与所得自体は、支給日ベースで、属する年分が決まりますが、ご質問のケースが、資金繰り等の都合で、年末までに到来する支給日に支給されていないものについての未払い、という前提で書き込ませて頂きます。

未払いの場合は、年末調整の計算では、支払があったものとして、徴収があったものとして計算すべき事となります。

給料の源泉徴収は、実際の支給の時にすべきものですから、未払いのものがあれば、当然未徴収になっているものと思います。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2526.htm

ただ、年末調整で還付になった場合には、未徴収にかかる部分は、還付金から控除すべき事となっています。
該当の所得税法を掲げます。

（過納額の還付）
第百九十一条 　前条の場合において、同条に規定する超過額をその年最後に給与等の支払をする際徴収すべき所得税に充当し、なお充当しきれない超過額（当該超過額のうちにまだ徴収されていないものがあるときは、その徴収されていない部分の金額に相当する金額を控除した金額。以下この条において「過納額」という。）があるときは、前条の給与等の支払者は、その過納額を還付する。


上記のカッコ書きにより、未徴収分は差し引いて還付金を支払う事となります。
但し、その差し引いた分は、その後の支給の際には徴収する必要はない事となります。
該当の所得税基本通達を掲げておきます。

（過納額の計算上控除された未徴収の税額）
191−１　法第191条に規定する過納額の計算上同条かっこ内の規定により超過額から控除されたまだ徴収されていない部分の金額に相当する税額は、その後においてはその徴収を要しないものとする。この場合において、当該税額をその後において徴収したときは、その徴収の時に当該徴収した金額に相当する当該過納額が生じたものとする。

給与所得自体は、支給日ベースで、属する年分が決まりますが、ご質問のケースが、資金繰り等の都合で、年末までに到来する支給日に支給されていないものについての未払い、という前提で書き込ませて頂きます。

未払いの場合は、年末調整の計算では、支払があったものとして、徴収があったものとして計算すべき事となります。

給料の源泉徴収は、実際の支給の時にすべきものですから、未払いのものがあれば、当然未徴収になっているものと思います。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2526.htm

ただ、年末調整で還付になった場合には、未徴収にかかる部分は、還付金から控除すべき事となっています。
該当の所得税法を掲げます。

（過納額の還付）
第百九十一条 　前条の場合において、同条に規定する超過額をその年最後に給与等の支払をする際徴収すべき所得税に充当し、なお充当しきれない超過額（当該超過額のうちにまだ徴収されていないものがあるときは、その徴収されていない部分の金額に相当する金額を控除した金額。以下この条において「過納額」という。）があるときは、前条の給与等の支払者は、その過納額を還付する。


上記のカッコ書きにより、未徴収分は差し引いて還付金を支払う事となります。
但し、その差し引いた分は、その後の支給の際には徴収する必要はない事となります。
該当の所得税基本通達を掲げておきます。

（過納額の計算上控除された未徴収の税額）
191−１　法第191条に規定する過納額の計算上同条かっこ内の規定により超過額から控除されたまだ徴収されていない部分の金額に相当する税額は、その後においてはその徴収を要しないものとする。この場合において、当該税額をその後において徴収したときは、その徴収の時に当該徴収した金額に相当する当該過納額が生じたものとする。

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