編集

標記の件で相談させてください。
よろしくお願いいたします。

いままで交通費（通勤定期代）も含めた金額で給与として計上し、 その金額を元に源泉徴収をしてきましたが、 本年度（4月）よりその間違いに気がつき、 適正な課税対象額で控除、 計上してきました。

昨年の分の、 すでに会社側では決算処理が済んでしまっている給料にについて、 また今年の年末調整をするにあたり、 決算上では昨年度に当たる1月から3月の調整について疑問が生じました。

『昨年の分は源泉徴収票を修正・再発行する』と知りましたが、 その再発行の仕方を教えてください。
ただ単に、 修正金額を記入するだけでいいのでしょうか？
また経理業務上、 会社側で何か他に手続き・業務等があるのでしょうか？

また、 今年の１月から３月についてはすでに交通費も含めた額を元に源泉徴収し、 その数字を計上し、 決算・確定申告ているため、 年末調整で１月から３月の超過税について精算する時、 同じく経理業務上どのような業務が発生しますか？

経理には弥生会計を使っています。
決算済み・確定申告済みの経費を修正するのですから、 税務所などに修正申告等は必要ですか？

標記の件で相談させてください。
よろしくお願いいたします。

いままで交通費（通勤定期代）も含めた金額で給与として計上し、 その金額を元に源泉徴収をしてきましたが、 本年度（4月）よりその間違いに気がつき、 適正な課税対象額で控除、 計上してきました。

昨年の分の、 すでに会社側では決算処理が済んでしまっている給料にについて、 また今年の年末調整をするにあたり、 決算上では昨年度に当たる1月から3月の調整について疑問が生じました。

『昨年の分は源泉徴収票を修正・再発行する』と知りましたが、 その再発行の仕方を教えてください。
ただ単に、 修正金額を記入するだけでいいのでしょうか？
また経理業務上、 会社側で何か他に手続き・業務等があるのでしょうか？

また、 今年の１月から３月についてはすでに交通費も含めた額を元に源泉徴収し、 その数字を計上し、 決算・確定申告ているため、 年末調整で１月から３月の超過税について精算する時、 同じく経理業務上どのような業務が発生しますか？

経理には弥生会計を使っています。
決算済み・確定申告済みの経費を修正するのですから、 税務所などに修正申告等は必要ですか？

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1月〜3月を特別視する必要はないと思いますよ。
源泉は、引いて、引いた分を納付するだけですよね。
あくまで個人負担の税額を立て替えているだけですから、会社としてなんら損益に影響していません。
（個人負担のものが会社の損益に影響したらおかしいです）
給料や交通費の費用科目が変わるわけではないし、単に個人に還付すべき金額を税務署へ払ってしまったという入り繰りになっただけで、会社として支出したキャッシュ総額もなんら変わりません。
3月末の預り金残高が多すぎた可能性はありますが、所得には影響がないので、修正の対象にはならないでしょう。

一方個人の課税期間は1月から12月までで、その1年間源泉をどうやっていようと年末調整で総給与に対して税額を再計算するのですから、そこですべて精算されてしまいますよね。
総給与に対して計算された年税額とそこまでの天引き額との差額を精算するのが年末調整ですから、1〜3月多く天引きが多すぎた分個人への還付が増えて、年税額さえ正しく計算されていれば間違いが自動的に正されて終わりです。
その裏返しで税務署への納付が減りますが、それは会社が1〜3月の分を納めすぎた分ですから、これも自動的に精算されてしまいます。
つまり、何はともあれ今年の年末調整をフツーに正しくやれば、それで自動的に正しい状態に戻ることになります。

過年度の分は、金額修正して印刷のとこだけ直す形にせざるを得ないと思います。
過去の源泉納めすぎましたと還付申請した上でその還付金を個人へ返すか、修正後源泉徴収票をもとに直接本人に還付申告してもらうか、ですが、過年度の状況にもよりますし、税務署に確認したほうがよいと思います。

1月〜3月を特別視する必要はないと思いますよ。
源泉は、引いて、引いた分を納付するだけですよね。
あくまで個人負担の税額を立て替えているだけですから、会社としてなんら損益に影響していません。
（個人負担のものが会社の損益に影響したらおかしいです）
給料や交通費の費用科目が変わるわけではないし、単に個人に還付すべき金額を税務署へ払ってしまったという入り繰りになっただけで、会社として支出したキャッシュ総額もなんら変わりません。
3月末の預り金残高が多すぎた可能性はありますが、所得には影響がないので、修正の対象にはならないでしょう。

一方個人の課税期間は1月から12月までで、その1年間源泉をどうやっていようと年末調整で総給与に対して税額を再計算するのですから、そこですべて精算されてしまいますよね。
総給与に対して計算された年税額とそこまでの天引き額との差額を精算するのが年末調整ですから、1〜3月多く天引きが多すぎた分個人への還付が増えて、年税額さえ正しく計算されていれば間違いが自動的に正されて終わりです。
その裏返しで税務署への納付が減りますが、それは会社が1〜3月の分を納めすぎた分ですから、これも自動的に精算されてしまいます。
つまり、何はともあれ今年の年末調整をフツーに正しくやれば、それで自動的に正しい状態に戻ることになります。

過年度の分は、金額修正して印刷のとこだけ直す形にせざるを得ないと思います。
過去の源泉納めすぎましたと還付申請した上でその還付金を個人へ返すか、修正後源泉徴収票をもとに直接本人に還付申告してもらうか、ですが、過年度の状況にもよりますし、税務署に確認したほうがよいと思います。

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