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＞うちの会社は毎年全量実地棚卸していました。（休日返上で）
今年は抜取り調査にすることになったのですが、在庫管理システムのコンピュータ在庫（CP在庫）と実地在庫がほとんど合っていないのが実情です。小さな部品が多品種で大量なので無理も無いのですが・・・。
つまりは、抜取りの対象分についてはCO在庫の訂正するのですが、その他のものについては、信頼性の無いCP在庫が期末在庫となってしまいます。
こんな状態で、税務上なんか問題は無いのでしょうか？
回答：
なぜ今年は抜き取り調査にされたのでしょうか？今後も抜き取り調査にされるおつもりでしょうか？
税務上問題がないとはいえないように思います。
直ちに申告所得額が不適正とされて税の追徴を受けるということにはならないとしても、管理の悪い会社として税務調査全般に対して悪い影響があるのではないかと思います。売上や売掛金の調査で不都合が出てきたときに、ご相談のような状況ではない場合に比べて厳しいチェックを受けるおそれが懸念されます。
ただ、それ以上に気になるのは資産管理の不適切さが従業員の不正を誘発する原因にならないかということです。在庫品の金額の大小やその換金の容易性にもよりますが、従業員が不正に横流ししたり、勝手に自己使用していないかのチェックがされない状態になっているおそれがあります。また、そのような積極的な意思がなくても得意先に注文数を超える納品過誤がされ会社が損害を受けている可能性もあります。逆に数量不足により会社の信用を損ねているケースがあるかもしれません。
棚卸は在庫品に関する業務（現品の入庫処理・出庫処理、在庫保管、入庫・出庫の伝票処理）が適切に行われているかの情報を提供してくれます。最終的にはこの情報を得られないことによる損失と棚卸工数の削減との比較になるのかもしれませんが、今一度次のような事項につき検討された方がよいように思います。
１、現状のような管理のもとで作成されるP／Lが自社の業績を正しく表しているか？
２、本当にコンピュータ管理が必要か？コンピュータ管理は、一部の品目、たとえば高額の在庫品のみに限定すべきではないか？
３、従業員等の不正防止策は考えられているのか？ご相談のようなケースで従業員の不正が生ずれば、それは経営者や管理者の責任です。適切なチェックシステムを構築して従業員による不正を防止することは従業員のためでもあります。
４、注文を受けたときに倉庫を確認しないと受注できないという状況が頻発していないか？コンピュータで在庫があるので受注したが、倉庫には品物がなくあわてたということがなかったかという問題です。
在庫が合わないという情報が会社の管理改善のきっかけになるということもよくあります。 以上
＞うちの会社は毎年全量実地棚卸していました。（休日返上で）
今年は抜取り調査にすることになったのですが、在庫管理システムのコンピュータ在庫（CP在庫）と実地在庫がほとんど合っていないのが実情です。小さな部品が多品種で大量なので無理も無いのですが・・・。
つまりは、抜取りの対象分についてはCO在庫の訂正するのですが、その他のものについては、信頼性の無いCP在庫が期末在庫となってしまいます。
こんな状態で、税務上なんか問題は無いのでしょうか？
回答：
なぜ今年は抜き取り調査にされたのでしょうか？今後も抜き取り調査にされるおつもりでしょうか？
税務上問題がないとはいえないように思います。
直ちに申告所得額が不適正とされて税の追徴を受けるということにはならないとしても、管理の悪い会社として税務調査全般に対して悪い影響があるのではないかと思います。売上や売掛金の調査で不都合が出てきたときに、ご相談のような状況ではない場合に比べて厳しいチェックを受けるおそれが懸念されます。
ただ、それ以上に気になるのは資産管理の不適切さが従業員の不正を誘発する原因にならないかということです。在庫品の金額の大小やその換金の容易性にもよりますが、従業員が不正に横流ししたり、勝手に自己使用していないかのチェックがされない状態になっているおそれがあります。また、そのような積極的な意思がなくても得意先に注文数を超える納品過誤がされ会社が損害を受けている可能性もあります。逆に数量不足により会社の信用を損ねているケースがあるかもしれません。
棚卸は在庫品に関する業務（現品の入庫処理・出庫処理、在庫保管、入庫・出庫の伝票処理）が適切に行われているかの情報を提供してくれます。最終的にはこの情報を得られないことによる損失と棚卸工数の削減との比較になるのかもしれませんが、今一度次のような事項につき検討された方がよいように思います。
１、現状のような管理のもとで作成されるP／Lが自社の業績を正しく表しているか？
２、本当にコンピュータ管理が必要か？コンピュータ管理は、一部の品目、たとえば高額の在庫品のみに限定すべきではないか？
３、従業員等の不正防止策は考えられているのか？ご相談のようなケースで従業員の不正が生ずれば、それは経営者や管理者の責任です。適切なチェックシステムを構築して従業員による不正を防止することは従業員のためでもあります。
４、注文を受けたときに倉庫を確認しないと受注できないという状況が頻発していないか？コンピュータで在庫があるので受注したが、倉庫には品物がなくあわてたということがなかったかという問題です。
在庫が合わないという情報が会社の管理改善のきっかけになるということもよくあります。 以上
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