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会社内部における部門間の取引に対する消費税は、お書きになられた方法がベストだと私も思います。
会社が税抜経理方式を採用していることを前提にして考えてみましょう。
1.課税仕入れの部門間振替方法
たとえば、会社が負担すべき費用が課税仕入れになる場合、会社の損益計算書には税抜金額で表示されます。
この費用を会社内部の各部門ごとに振替える時は、
（Ａ）発生した費用が「課税仕入れ」なのだから、部門振替時においても消費税コードを「課税仕入れ」として税込金額で振替える方法。
（Ｂ）損益計算書には税抜金額で表示されるのだから、部門振替においても消費税コードは消費税なし（不課税あるいは対象外）として税抜金額で振替える方法。
の2種類が考えられます。
どちらで部門振替仕訳をしても、結果はまったく同じになりますが、私のお勧めは、（Ａ）の方法です。
＜例示＞
当社は税抜経理方法を採用している。
当社の部門コードは次のとおりである。
（共通）・・・共通部門
（第一）・・・第一営業部門
（第二）・・・第二営業部門
当社の消費税コードは次のとおりであり、金額の後ろに入力している。
課・・・課税仕入れ
コードなし・・・不課税取引又は課税対象外
（1）国内電話料金2,100円（税込）を共通部門が支払った。
通信費（共通）2,000課 ／ 現金2,100
仮払消費税 100
（2）上記の電話代について、50％は第一営業部門、30％は第二営業部門が負担することになった。
通信費（第一）1,000課 ／ 通信費（共通）1,000課
仮払消費税50 ／ 仮払消費税50
通信費（第二）600課 ／ 通信費（共通）600課
仮払消費税30 ／ 仮払消費税30
総勘定元帳の一部
通信費（共通）
摘要 借方 貸方
電話代支払い 2,000課
第一部門へ 1,000課
第二部門へ 600課
このように、最初の発生時（支払い時）に課税仕入れだったものは、たとえ部門振替をしようとも常に課税仕入れとして仕訳します。
こうすれば、課税仕入れだった費用は、どう振替されようとも常に課税仕入れで処理されていますから、消費税の処理に首尾一貫性があります。
そのため、
1.ひとつの費用（この例示では国内電話料金）につきひとつの消費税コードしか存在しないので、複数のコードを使い分ける必要がなく、入力作業者の負担が軽減される。
なるべく経理のシステムは簡単でシンプルなのが一番です。
2.ひとつの費用につきひとつの消費税コードしか存在しないので、消費税コードの入力ミスを発見しやすい。
たとえば、国内電話料金の消費税コードは、どういう仕訳をしようとも常に「課」であり、もしもこれ以外の消費税コードが入力されてたら、それは入力ミスですから、すぐに間違いが発見できますね。
そういうわけで、私は部門振替においても、発生もとの消費税コードと同じ消費税コードを使って振替仕訳する方法をお勧めします。
ただし、会社内部で行われる内部売上や内部仕入、内部利息については、最初から内部だけの取引ですから、最後は相殺消去した後の数値を使って消費税の申告計算をすることになります。
よって、このあたりはやりやすい方法で処理なさればよいかと思います。
会社内部における部門間の取引に対する消費税は、お書きになられた方法がベストだと私も思います。
会社が税抜経理方式を採用していることを前提にして考えてみましょう。
1.課税仕入れの部門間振替方法
たとえば、会社が負担すべき費用が課税仕入れになる場合、会社の損益計算書には税抜金額で表示されます。
この費用を会社内部の各部門ごとに振替える時は、
（Ａ）発生した費用が「課税仕入れ」なのだから、部門振替時においても消費税コードを「課税仕入れ」として税込金額で振替える方法。
（Ｂ）損益計算書には税抜金額で表示されるのだから、部門振替においても消費税コードは消費税なし（不課税あるいは対象外）として税抜金額で振替える方法。
の2種類が考えられます。
どちらで部門振替仕訳をしても、結果はまったく同じになりますが、私のお勧めは、（Ａ）の方法です。
＜例示＞
当社は税抜経理方法を採用している。
当社の部門コードは次のとおりである。
（共通）・・・共通部門
（第一）・・・第一営業部門
（第二）・・・第二営業部門
当社の消費税コードは次のとおりであり、金額の後ろに入力している。
課・・・課税仕入れ
コードなし・・・不課税取引又は課税対象外
（1）国内電話料金2,100円（税込）を共通部門が支払った。
通信費（共通）2,000課 ／ 現金2,100
仮払消費税 100
（2）上記の電話代について、50％は第一営業部門、30％は第二営業部門が負担することになった。
通信費（第一）1,000課 ／ 通信費（共通）1,000課
仮払消費税50 ／ 仮払消費税50
通信費（第二）600課 ／ 通信費（共通）600課
仮払消費税30 ／ 仮払消費税30
総勘定元帳の一部
通信費（共通）
摘要 借方 貸方
電話代支払い 2,000課
第一部門へ 1,000課
第二部門へ 600課
このように、最初の発生時（支払い時）に課税仕入れだったものは、たとえ部門振替をしようとも常に課税仕入れとして仕訳します。
こうすれば、課税仕入れだった費用は、どう振替されようとも常に課税仕入れで処理されていますから、消費税の処理に首尾一貫性があります。
そのため、
1.ひとつの費用（この例示では国内電話料金）につきひとつの消費税コードしか存在しないので、複数のコードを使い分ける必要がなく、入力作業者の負担が軽減される。
なるべく経理のシステムは簡単でシンプルなのが一番です。
2.ひとつの費用につきひとつの消費税コードしか存在しないので、消費税コードの入力ミスを発見しやすい。
たとえば、国内電話料金の消費税コードは、どういう仕訳をしようとも常に「課」であり、もしもこれ以外の消費税コードが入力されてたら、それは入力ミスですから、すぐに間違いが発見できますね。
そういうわけで、私は部門振替においても、発生もとの消費税コードと同じ消費税コードを使って振替仕訳する方法をお勧めします。
ただし、会社内部で行われる内部売上や内部仕入、内部利息については、最初から内部だけの取引ですから、最後は相殺消去した後の数値を使って消費税の申告計算をすることになります。
よって、このあたりはやりやすい方法で処理なさればよいかと思います。
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