当社では数名の先生方に「客員研究員」という形で、任期期間と月額金額を契約し（承諾書ですが、手取金額で○○万、その他別途交通費は支払うという内容）、毎月「謝金」という形でお支払いしています。
支払時の仕訳は
（例）毎月手取金額２００，０００円の場合、
謝金（非課税)２２２，２２２ / 普通預金 ２００，０００
預かり源泉税 ２２，２２２
（通常、謝金は課税ですが、当社では毎月支払ということで「給与」と同じ扱いにし、非課税にしています）
そして翌月１０日までに、２２，２２２円を源泉税として税務署に支払っています。
そこで、半年に一度、謝金と一緒に通勤費（６ケ月分定期代：実費）を支払しているのですが、
支払時仕訳は
（例）通勤費が３０，０００円の場合
謝金(非課税)２５２，２２２ /普通預金 ２３０，０００
預かり源泉税 ２２，２２２
と処理して、謝金分の１０％だけを源泉税として控除し、税務署に支払っています。
（交通費分は源泉せず、実費金額を支払っています）
支払先の先生方に送付する支払内容明細書にも、交通費は実費金額を書き、源泉税の欄には、２２，２２２円としか書いていませんので、本人達は交通費は謝金ではなく経費と認識しているかと思います。
以前は、通勤費は実費分に源泉分を上乗せして、３３，３３３を円交通費とし、総額から１０％源泉で処理していました。（交通費も先生方の所得とみなす）
（以前）
謝金（非課税）２５５，５５５ /普通預金 ２３０，０００
預かり源泉税 ２５，５５５
こちらの処理であれば、問題なかったと思いますが、今年度より経理部長が（今は退職されましたが）、交通費は実費だから・・ということで謝金本来の分のみ源泉して、交通費は上乗せ、源泉せず、実費で支払うことになりました。
先生方の支払金額自体は変わりはありませんが、こちらのでの処理は本来、
謝金（非課税）２２２，２２２/普通預金 ２３０，０００
旅費交通費（課税）３０，０００/預かり源泉税 ２２，２２２
と、なりますよね？？
そして、支払調書には、謝金：２２２，２２２円、
源泉税：２２，２２２円という内容にしないといけませんよね？（交通費は経費であって、先生の所得ではない）
現状の処理のままだと、支払調書は謝金：２５２，２２２円 源泉税：２２，２２２円になってしまいますよね？
逆に、現状状態のままで、２５２，２２２円 源泉税：２２，２２２円の支払調書を発行するのは、いけないことなのでしょうか？（先生方の認識との差が出てくると思いますので）
税務署に対しては実際、支払っている金額は変わらないので、影響がないかとは思いますが・・・。
長々と書いてしまい申し訳ありません。
よきアドバイスが頂けたらと思い、メールさせていただきました。
宜しくお願いいたします。
当社では数名の先生方に「客員研究員」という形で、任期期間と月額金額を契約し（承諾書ですが、手取金額で○○万、その他別途交通費は支払うという内容）、毎月「謝金」という形でお支払いしています。
支払時の仕訳は
（例）毎月手取金額２００，０００円の場合、
謝金（非課税)２２２，２２２ / 普通預金 ２００，０００
預かり源泉税 ２２，２２２
（通常、謝金は課税ですが、当社では毎月支払ということで「給与」と同じ扱いにし、非課税にしています）
そして翌月１０日までに、２２，２２２円を源泉税として税務署に支払っています。
そこで、半年に一度、謝金と一緒に通勤費（６ケ月分定期代：実費）を支払しているのですが、
支払時仕訳は
（例）通勤費が３０，０００円の場合
謝金(非課税)２５２，２２２ /普通預金 ２３０，０００
預かり源泉税 ２２，２２２
と処理して、謝金分の１０％だけを源泉税として控除し、税務署に支払っています。
（交通費分は源泉せず、実費金額を支払っています）
支払先の先生方に送付する支払内容明細書にも、交通費は実費金額を書き、源泉税の欄には、２２，２２２円としか書いていませんので、本人達は交通費は謝金ではなく経費と認識しているかと思います。
以前は、通勤費は実費分に源泉分を上乗せして、３３，３３３を円交通費とし、総額から１０％源泉で処理していました。（交通費も先生方の所得とみなす）
（以前）
謝金（非課税）２５５，５５５ /普通預金 ２３０，０００
預かり源泉税 ２５，５５５
こちらの処理であれば、問題なかったと思いますが、今年度より経理部長が（今は退職されましたが）、交通費は実費だから・・ということで謝金本来の分のみ源泉して、交通費は上乗せ、源泉せず、実費で支払うことになりました。
先生方の支払金額自体は変わりはありませんが、こちらのでの処理は本来、
謝金（非課税）２２２，２２２/普通預金 ２３０，０００
旅費交通費（課税）３０，０００/預かり源泉税 ２２，２２２
と、なりますよね？？
そして、支払調書には、謝金：２２２，２２２円、
源泉税：２２，２２２円という内容にしないといけませんよね？（交通費は経費であって、先生の所得ではない）
現状の処理のままだと、支払調書は謝金：２５２，２２２円 源泉税：２２，２２２円になってしまいますよね？
逆に、現状状態のままで、２５２，２２２円 源泉税：２２，２２２円の支払調書を発行するのは、いけないことなのでしょうか？（先生方の認識との差が出てくると思いますので）
税務署に対しては実際、支払っている金額は変わらないので、影響がないかとは思いますが・・・。
長々と書いてしまい申し訳ありません。
よきアドバイスが頂けたらと思い、メールさせていただきました。
宜しくお願いいたします。
