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事業所得の決算そのものは６月までという事でしょうが、申告そのものは１２月までで行いますので、普通に考えられたら良いと思います。

法人の方で、役員報酬はもらわれていなかったのでしょうか？
役員報酬が出ていれば、本来は、そちらの年末調整で社会保険料控除等は済んでいるべきものと思いますが、もしそうであれば、源泉徴収票を添付するだけで、重ねて控除証明書等は必要ない事となります。

会社の方で年末調整していない、又は、それらの保険料の控除をしていないのであれば、確定申告の際に控除すれば良いだけの事となります。
もちろん、計算は１年間として計算しますので、今までと何ら変わりありません。

確定申告の際は、事業所得に関する書類と共に、給与所得の源泉徴収票も添付すべき事となります。
（もちろん、申告書の計算上は、給与所得も合算して所得税を計算する事となります。）

配偶者控除についても、年末時点の現況により判断すべきですので、９６万円というのが給与収入であるならば、配偶者控除として控除できる事となります。
（但し、事業の方から専従者給与として給与を得ていたのであれば、配偶者控除は受けられませんが）

事業所得の決算そのものは６月までという事でしょうが、申告そのものは１２月までで行いますので、普通に考えられたら良いと思います。

法人の方で、役員報酬はもらわれていなかったのでしょうか？
役員報酬が出ていれば、本来は、そちらの年末調整で社会保険料控除等は済んでいるべきものと思いますが、もしそうであれば、源泉徴収票を添付するだけで、重ねて控除証明書等は必要ない事となります。

会社の方で年末調整していない、又は、それらの保険料の控除をしていないのであれば、確定申告の際に控除すれば良いだけの事となります。
もちろん、計算は１年間として計算しますので、今までと何ら変わりありません。

確定申告の際は、事業所得に関する書類と共に、給与所得の源泉徴収票も添付すべき事となります。
（もちろん、申告書の計算上は、給与所得も合算して所得税を計算する事となります。）

配偶者控除についても、年末時点の現況により判断すべきですので、９６万円というのが給与収入であるならば、配偶者控除として控除できる事となります。
（但し、事業の方から専従者給与として給与を得ていたのであれば、配偶者控除は受けられませんが）

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