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まず、結論から言えば、JAFの年会費は不課税扱いとなります。
下記のJAFのサイトにありますが、消費税はかからない旨、明記されています。
http://www.jaf.or.jp/proceed/join/fr/index2.htm

理由としては、JAFについては、確かにサービスに対する対価のような感じではありますが、会費に関しては、下記国税庁のサイトにあるように、明らかな対価関係がない限りは、課税仕入にはならない事となります。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shohi/6467.htm

要は、仮に年会費４千円を支払って、それが実際に何に使われるのかは明白ではありませんよね。
（実際には、会報が送られてきたり、各種ロードサービスが無料で受けられたり、各種優待割引を受けられたり、と多岐に渡っていて、サービスの対価には違いなくても、４千円という金額に対しての明らかな対価関係というのは、無いと言わざるを得ないですよね。）

税理士の説明も不十分とは思いますが、例えば、研修会費であれば、研修に対する対価という明らかな対価関係があるものが殆どでしょうから、課税仕入となるものが多いものとは思います。
要は、明白な対価関係があるかどうか、という点がポイントとなります。

上記国税庁のサイトの根拠となっている、消費税法基本通達を掲げておきます。

（会費、組合費等）
5−5−3　同業者団体、組合等がその構成員から受ける会費、組合費等については、当該同業者団体、組合等がその構成員に対して行う役務の提供等との間に明白な対価関係があるかどうかによって資産の譲渡等の対価であるかどうかを判定するのであるが、その判定が困難なものについて、継続して、同業者団体、組合等が資産の譲渡等の対価に該当しないものとし、かつ、その会費等を支払う事業者側がその支払を課税仕入れに該当しないこととしている場合には、これを認める。
(注)
1　同業者団体、組合等がその団体としての通常の業務運営のために経常的に要する費用をその構成員に分担させ、その団体の存立を図るというようないわゆる通常会費については、資産の譲渡等の対価に該当しないものとして取り扱って差し支えない。
2　名目が会費等とされている場合であっても、それが実質的に出版物の購読料、映画・演劇等の入場料、職員研修の受講料又は施設の利用料等と認められるときは、その会費等は、資産の譲渡等の対価に該当する。
3　資産の譲渡等の対価に該当するかどうかの判定が困難な会費、組合費等について、この通達を適用して資産の譲渡等の対価に該当しないものとする場合には、同業者団体、組合等は、その旨をその構成員に通知するものとする。

まず、結論から言えば、JAFの年会費は不課税扱いとなります。
下記のJAFのサイトにありますが、消費税はかからない旨、明記されています。
http://www.jaf.or.jp/proceed/join/fr/index2.htm

理由としては、JAFについては、確かにサービスに対する対価のような感じではありますが、会費に関しては、下記国税庁のサイトにあるように、明らかな対価関係がない限りは、課税仕入にはならない事となります。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shohi/6467.htm

要は、仮に年会費４千円を支払って、それが実際に何に使われるのかは明白ではありませんよね。
（実際には、会報が送られてきたり、各種ロードサービスが無料で受けられたり、各種優待割引を受けられたり、と多岐に渡っていて、サービスの対価には違いなくても、４千円という金額に対しての明らかな対価関係というのは、無いと言わざるを得ないですよね。）

税理士の説明も不十分とは思いますが、例えば、研修会費であれば、研修に対する対価という明らかな対価関係があるものが殆どでしょうから、課税仕入となるものが多いものとは思います。
要は、明白な対価関係があるかどうか、という点がポイントとなります。

上記国税庁のサイトの根拠となっている、消費税法基本通達を掲げておきます。

（会費、組合費等）
5−5−3　同業者団体、組合等がその構成員から受ける会費、組合費等については、当該同業者団体、組合等がその構成員に対して行う役務の提供等との間に明白な対価関係があるかどうかによって資産の譲渡等の対価であるかどうかを判定するのであるが、その判定が困難なものについて、継続して、同業者団体、組合等が資産の譲渡等の対価に該当しないものとし、かつ、その会費等を支払う事業者側がその支払を課税仕入れに該当しないこととしている場合には、これを認める。
(注)
1　同業者団体、組合等がその団体としての通常の業務運営のために経常的に要する費用をその構成員に分担させ、その団体の存立を図るというようないわゆる通常会費については、資産の譲渡等の対価に該当しないものとして取り扱って差し支えない。
2　名目が会費等とされている場合であっても、それが実質的に出版物の購読料、映画・演劇等の入場料、職員研修の受講料又は施設の利用料等と認められるときは、その会費等は、資産の譲渡等の対価に該当する。
3　資産の譲渡等の対価に該当するかどうかの判定が困難な会費、組合費等について、この通達を適用して資産の譲渡等の対価に該当しないものとする場合には、同業者団体、組合等は、その旨をその構成員に通知するものとする。

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kamehenさん、ご丁寧にありがとうございます。

JAFのサイトに明記されていたんですね。
ちゃんと調べもせずに質問して申し訳ありません。

でも、詳しく説明して頂いてとってもよくわかりました。
質問してみてよかったと思っています。

本当にありがとうございます。

kamehenさん、ご丁寧にありがとうございます。

JAFのサイトに明記されていたんですね。
ちゃんと調べもせずに質問して申し訳ありません。

でも、詳しく説明して頂いてとってもよくわかりました。
質問してみてよかったと思っています。

本当にありがとうございます。

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