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会社の登記簿に「資本金1,000万円」と記載されている以上、世の中の誰もが御社を「資本金1,000万円」の会社であるとしか判断できません。

登記の詳しいいきさつはわかりませんが、「資本金1,000万円」ではないと言うのでしたら、登記を直ちに訂正しないとマズイでしょう。
それをせずにほったらかしにしておくのでしたら、税務署をはじめ誰もが御社を「資本金1,000万円」の会社だと考えるでしょう。
（うちは資本金1,000万円の会社なんです！と自ら公言しているのと同じです。）

なお、御存知のとおり、事業年度開始の時点における資本金が1,000万円以上である新設法人（御社はこれになりますね。）については、設立１期目と２期目は消費税の納税義務者（課税事業者）になります。

つまり、御社は１期目と２期目は無条件に消費税の納税義務ありです。

税務署も登記簿をみて判断するしかないのですから、登記簿に資本金1,000万円と書かれている以上は、誠に残念ながら消費税の納税義務は免れられないと思います。

もしも１期目の期中で減資をして資本金が1,000万円未満になれば、２期目だけは消費税の納税義務がありません。（消費税の免税事業者となります。）

３期目以降は、資本金の金額は関係なく、消費税の原則規定である、基準期間（前々事業年度）の課税売上高によって、納税義務の有無を判断することになります。

会社の登記簿に「資本金1,000万円」と記載されている以上、世の中の誰もが御社を「資本金1,000万円」の会社であるとしか判断できません。

登記の詳しいいきさつはわかりませんが、「資本金1,000万円」ではないと言うのでしたら、登記を直ちに訂正しないとマズイでしょう。
それをせずにほったらかしにしておくのでしたら、税務署をはじめ誰もが御社を「資本金1,000万円」の会社だと考えるでしょう。
（うちは資本金1,000万円の会社なんです！と自ら公言しているのと同じです。）

なお、御存知のとおり、事業年度開始の時点における資本金が1,000万円以上である新設法人（御社はこれになりますね。）については、設立１期目と２期目は消費税の納税義務者（課税事業者）になります。

つまり、御社は１期目と２期目は無条件に消費税の納税義務ありです。

税務署も登記簿をみて判断するしかないのですから、登記簿に資本金1,000万円と書かれている以上は、誠に残念ながら消費税の納税義務は免れられないと思います。

もしも１期目の期中で減資をして資本金が1,000万円未満になれば、２期目だけは消費税の納税義務がありません。（消費税の免税事業者となります。）

３期目以降は、資本金の金額は関係なく、消費税の原則規定である、基準期間（前々事業年度）の課税売上高によって、納税義務の有無を判断することになります。

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