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日当等について、課税仕入処理する事に関しては、消費税法基本通達で次のように定めています。

（出張旅費、宿泊費、日当等）
11−2−1　役員又は使用人（以下「使用人等」という。）が勤務する場所を離れてその職務を遂行するため旅行をし、若しくは転任に伴う転居のための旅行をした場合又は就職若しくは退職をした者若しくは死亡による退職をした者の遺族（以下11−２−１において「退職者等」という。）がこれらに伴う転居のための旅行をした場合に、事業者がその使用人等又はその退職者等に支給する出張旅費、宿泊費、日当等のうち、その旅行について通常必要であると認められる部分の金額は、課税仕入れに係る支払対価に該当するものとして取り扱う。
(注)1 「その旅行について通常必要であると認められる部分の金額」の範囲については、所基通９−３《非課税とされる旅費の範囲》の例により判定する。
　　2 海外出張のために支給する旅費、宿泊費及び日当等は、原則として課税仕入れに係る支払対価に該当しない。

ですから、通常必要であると認められる部分として、所得税で非課税とされる部分については、課税仕入として処理できるものです。
（通勤手当の場合は、必ずしも所得税の取り扱いと同じでないので、異なる部分です）

確かに、日当は、一部経費精算できないものの実費弁償的なものとされるものの、会社によっては殆どは精算されている場合もあると思いますが、例えば出張先での昼食代や弁当代、宿泊の場合は、勤務時間外も拘束されるようなものですので、例えば、夜に、ホテル近くのコンビニで飲物や夜食や雑誌等を買ったりもするでしょうし、そのようなものは実費精算できるものではありませんし、一家団欒で過ごせないようなものも含めての日当、というような気はします。
（極端な例え話ですが、例えば奥さんが夜に働きに行っていて、従来は帰宅したご主人が子守りしている家庭では、出張で不在にする事により託児所等へ預ける余計な出費も出てくる事になりますよね）

確かに、現実には、それにしては金額が高いのでは、と思える部分もありますが、上記の通達にもありますので、少なくとも所得税で非課税としているものについては全て課税仕入で処理すべき事となるとは思います。

日当等について、課税仕入処理する事に関しては、消費税法基本通達で次のように定めています。

（出張旅費、宿泊費、日当等）
11−2−1　役員又は使用人（以下「使用人等」という。）が勤務する場所を離れてその職務を遂行するため旅行をし、若しくは転任に伴う転居のための旅行をした場合又は就職若しくは退職をした者若しくは死亡による退職をした者の遺族（以下11−２−１において「退職者等」という。）がこれらに伴う転居のための旅行をした場合に、事業者がその使用人等又はその退職者等に支給する出張旅費、宿泊費、日当等のうち、その旅行について通常必要であると認められる部分の金額は、課税仕入れに係る支払対価に該当するものとして取り扱う。
(注)1 「その旅行について通常必要であると認められる部分の金額」の範囲については、所基通９−３《非課税とされる旅費の範囲》の例により判定する。
　　2 海外出張のために支給する旅費、宿泊費及び日当等は、原則として課税仕入れに係る支払対価に該当しない。

ですから、通常必要であると認められる部分として、所得税で非課税とされる部分については、課税仕入として処理できるものです。
（通勤手当の場合は、必ずしも所得税の取り扱いと同じでないので、異なる部分です）

確かに、日当は、一部経費精算できないものの実費弁償的なものとされるものの、会社によっては殆どは精算されている場合もあると思いますが、例えば出張先での昼食代や弁当代、宿泊の場合は、勤務時間外も拘束されるようなものですので、例えば、夜に、ホテル近くのコンビニで飲物や夜食や雑誌等を買ったりもするでしょうし、そのようなものは実費精算できるものではありませんし、一家団欒で過ごせないようなものも含めての日当、というような気はします。
（極端な例え話ですが、例えば奥さんが夜に働きに行っていて、従来は帰宅したご主人が子守りしている家庭では、出張で不在にする事により託児所等へ預ける余計な出費も出てくる事になりますよね）

確かに、現実には、それにしては金額が高いのでは、と思える部分もありますが、上記の通達にもありますので、少なくとも所得税で非課税としているものについては全て課税仕入で処理すべき事となるとは思います。

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ありがとうございました。得心できました。

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