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１番目は私はわかりません。大丈夫な気はしますが。
時間もありませんので、ここでの回答を待つより、
税務署の電話相談センターに聞かれるのが早いと思います。

２番目と３番目ですが、帳簿は手書きですか？
ソフトを使用されているなら、まずは伝票の仕訳入力を全部済ませます。
私は仕訳表を何度か印刷して漏れや間違いがないか確認しながら進めています。

その確認が終わったら、損益計算書と貸借対照表を印刷します。
そのほかソフト次第ですが、青色申告決算書の各項目に対応する内容の表も印刷します。
月別売上や仕入れの表、減価償却資産の計算表、など。（これらはすべて提出するものではない）

それをもとに、まず青色申告決算書を作成して、それから確定申告書各表の作成に移ります。
確定申告書Ｂ（第一表・第二表）はいつも必ず出すものですが、
損失がある場合は損失申告用と書かれている第四表(一)(二)も必要になります。
これは１月下旬頃に送られてきた書類一式？には含まれていないと思いますが（一式じゃない！）、
これを提出しないと損失の繰越が認められませんので要注意です。
（他に金融取引とかある場合は必要な書類が増えたりします）
必要な書類は税務署でもらえますが、以下からダウンロードして印刷したものを使ってもOKです。
http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinkoku/shotoku/tokushu/yoshiki.htm

国税庁のサイトは覗かれていますか？
http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinkoku/shotoku/tokushu/sakuseihou.htm
この一番下のところから書類の作成画面に入れます。
前述の印刷まで済んだら、ここで入力していくと楽に書類を作成してくれますよ。
名前とかは入れなくていいので、とりあえず値のみを使って試してみましょう。
最初に青色申告決算書を作成してから、続いて確定申告書の作成の順番です。
後者で、生年月日のみ入力する必要があるかと思います。
各段階の最後でPDFが作成されますから、それを印刷してチェックします。
一番最後のページに、提出書類等のチェックシート、というのもありますので、わかりやすいですよ。

これを印刷したものを提出してもいいし（その際には住所等も入力するか、印刷したものに手書きする）、
これを印刷したものを見ながら正規の用紙に手書きで写して提出してもいいです。

１番目は私はわかりません。大丈夫な気はしますが。
時間もありませんので、ここでの回答を待つより、
税務署の電話相談センターに聞かれるのが早いと思います。

２番目と３番目ですが、帳簿は手書きですか？
ソフトを使用されているなら、まずは伝票の仕訳入力を全部済ませます。
私は仕訳表を何度か印刷して漏れや間違いがないか確認しながら進めています。

その確認が終わったら、損益計算書と貸借対照表を印刷します。
そのほかソフト次第ですが、青色申告決算書の各項目に対応する内容の表も印刷します。
月別売上や仕入れの表、減価償却資産の計算表、など。（これらはすべて提出するものではない）

それをもとに、まず青色申告決算書を作成して、それから確定申告書各表の作成に移ります。
確定申告書Ｂ（第一表・第二表）はいつも必ず出すものですが、
損失がある場合は損失申告用と書かれている第四表(一)(二)も必要になります。
これは１月下旬頃に送られてきた書類一式？には含まれていないと思いますが（一式じゃない！）、
これを提出しないと損失の繰越が認められませんので要注意です。
（他に金融取引とかある場合は必要な書類が増えたりします）
必要な書類は税務署でもらえますが、以下からダウンロードして印刷したものを使ってもOKです。
http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinkoku/shotoku/tokushu/yoshiki.htm

国税庁のサイトは覗かれていますか？
http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinkoku/shotoku/tokushu/sakuseihou.htm
この一番下のところから書類の作成画面に入れます。
前述の印刷まで済んだら、ここで入力していくと楽に書類を作成してくれますよ。
名前とかは入れなくていいので、とりあえず値のみを使って試してみましょう。
最初に青色申告決算書を作成してから、続いて確定申告書の作成の順番です。
後者で、生年月日のみ入力する必要があるかと思います。
各段階の最後でPDFが作成されますから、それを印刷してチェックします。
一番最後のページに、提出書類等のチェックシート、というのもありますので、わかりやすいですよ。

これを印刷したものを提出してもいいし（その際には住所等も入力するか、印刷したものに手書きする）、
これを印刷したものを見ながら正規の用紙に手書きで写して提出してもいいです。

返信

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雑記になりますが、もし参考になる人がいればと思い、追記します。

普段から領収書等は整理していて、電車代など領収書のない支出の伝票作成もすぐに行なっています。ソフト入力はある程度まとめて。

決算にあたっては、まず一番はじめに、家事使用分から案分する家賃・電気代・ネット＆電話代・携帯電話代・ISP代・住宅の損害保険料などについて、伝票を作成しました。費用が固定のものも細かい料金改定などがあるので、しっかりチェックが必要です。

案分したものは、請求日ではなく、当月分の利用をその末日付で計上しています（1年ごとの損害保険料は支払日に計上）。案分比率をいくらにするか決めておかなければいけません。後から変えるのは難しいので、１年目に合理的な方法を決めておく必要があります。

私は独り住まいなのと、電話代・携帯電話代は今のところそんなにかからないので、案分するものは固定部分のみの50％、電気代のみ実費の50％にしました。一般には面積とか言われますね。電話を仕事でもよく使う人は実費で計算した方がいいと思います。私も将来利用が増えたら、実費の50％にするか、仕事専用の携帯を用意するかのつもりです。

家賃は元の金額も記入する必要があるので、それも確認して計算しておきます。共益費や手数料は含めていいようですが、町費はダメだそうです（専用の仕事場ならOK）。支払先の住所・氏名も確認が必要です。契約書にある相手です。大家さんか、管理会社の場合もあるかも。

その他、社会保険料の金額の確認や控除関係書類の用意など。

私は減価償却対象の資産はないのでこのくらいですが、ある場合にはその耐用年数などを個々に確認する必要があります。

雑記になりますが、もし参考になる人がいればと思い、追記します。

普段から領収書等は整理していて、電車代など領収書のない支出の伝票作成もすぐに行なっています。ソフト入力はある程度まとめて。

決算にあたっては、まず一番はじめに、家事使用分から案分する家賃・電気代・ネット＆電話代・携帯電話代・ISP代・住宅の損害保険料などについて、伝票を作成しました。費用が固定のものも細かい料金改定などがあるので、しっかりチェックが必要です。

案分したものは、請求日ではなく、当月分の利用をその末日付で計上しています（1年ごとの損害保険料は支払日に計上）。案分比率をいくらにするか決めておかなければいけません。後から変えるのは難しいので、１年目に合理的な方法を決めておく必要があります。

私は独り住まいなのと、電話代・携帯電話代は今のところそんなにかからないので、案分するものは固定部分のみの50％、電気代のみ実費の50％にしました。一般には面積とか言われますね。電話を仕事でもよく使う人は実費で計算した方がいいと思います。私も将来利用が増えたら、実費の50％にするか、仕事専用の携帯を用意するかのつもりです。

家賃は元の金額も記入する必要があるので、それも確認して計算しておきます。共益費や手数料は含めていいようですが、町費はダメだそうです（専用の仕事場ならOK）。支払先の住所・氏名も確認が必要です。契約書にある相手です。大家さんか、管理会社の場合もあるかも。

その他、社会保険料の金額の確認や控除関係書類の用意など。

私は減価償却対象の資産はないのでこのくらいですが、ある場合にはその耐用年数などを個々に確認する必要があります。

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