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うちは個人で製造業を営んでいるのですが、ひょんな事から
大手の企業と先だってお取引したのですが、入金を確認したら
請求額よりあからさまに少ない金額の入金だったので、
担当者の方に問い合わせしましたら、個人（法人でない）方へは
源泉徴収をあらかじめ引いた額を入金していると言われました。
仕事柄、粗利があるわけでは無いので非常に困っておりまして。
　そこでご質問なんですが、
1、その源泉徴収で引かれた分の確定申告時にすることは何なので　　しょうか？
2、差額の帳簿上の処理（仕分け）はどのように記載するべきなの　　でしょか？
3、次回の取引時に請求額（源泉徴収を引かない額）を支払って
　　もらうよう要請する権利は当方にあるのでしょうか？

お詳しい方がいらっしゃいましたらどうぞ宜しくアドバイスの方お願い致します。

うちは個人で製造業を営んでいるのですが、ひょんな事から
大手の企業と先だってお取引したのですが、入金を確認したら
請求額よりあからさまに少ない金額の入金だったので、
担当者の方に問い合わせしましたら、個人（法人でない）方へは
源泉徴収をあらかじめ引いた額を入金していると言われました。
仕事柄、粗利があるわけでは無いので非常に困っておりまして。
　そこでご質問なんですが、
1、その源泉徴収で引かれた分の確定申告時にすることは何なので　　しょうか？
2、差額の帳簿上の処理（仕分け）はどのように記載するべきなの　　でしょか？
3、次回の取引時に請求額（源泉徴収を引かない額）を支払って
　　もらうよう要請する権利は当方にあるのでしょうか？

お詳しい方がいらっしゃいましたらどうぞ宜しくアドバイスの方お願い致します。

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差し引かれた源泉徴収税額の処理に関しては、yui2さんがお書きになられている通りと思います。

ただ、そもそも源泉徴収の対象になるものなのかがちょっと疑問ですね。
下記サイトで、源泉徴収の対象となるものを掲げていますが、この中に該当しなければ、例え個人であっても源泉徴収の必要はない事となります。
http://www.nta.go.jp/category/pamph/gensen/1913/05/01.htm

意外と、個人が相手であれば、なんでも源泉徴収しなければならないと勘違いされている方も多いので、もし上記サイトのいずれにも該当しないのであれば、その大手の企業の処理が間違っている可能性も高いと思います。
源泉徴収の対象となるものであれば、源泉徴収義務者として先方で源泉徴収する義務がありますので、それを引かないでくれ、という事はできません。
しかしながら、もし対象とならないのであれば、先方の担当者に、所得税のどの部分に該当して源泉徴収しているのかご確認された方が良いかと思います。
（と言っても、立場上、なかなか難しいとは思いますが）

差し引かれた源泉徴収税額の処理に関しては、yui2さんがお書きになられている通りと思います。

ただ、そもそも源泉徴収の対象になるものなのかがちょっと疑問ですね。
下記サイトで、源泉徴収の対象となるものを掲げていますが、この中に該当しなければ、例え個人であっても源泉徴収の必要はない事となります。
http://www.nta.go.jp/category/pamph/gensen/1913/05/01.htm

意外と、個人が相手であれば、なんでも源泉徴収しなければならないと勘違いされている方も多いので、もし上記サイトのいずれにも該当しないのであれば、その大手の企業の処理が間違っている可能性も高いと思います。
源泉徴収の対象となるものであれば、源泉徴収義務者として先方で源泉徴収する義務がありますので、それを引かないでくれ、という事はできません。
しかしながら、もし対象とならないのであれば、先方の担当者に、所得税のどの部分に該当して源泉徴収しているのかご確認された方が良いかと思います。
（と言っても、立場上、なかなか難しいとは思いますが）

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