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法人が所有している非上場会社の株式をその非上場会社の税務上の評価額よりも低い価格で第3者である法人に売却した場合、低額譲渡に該当し、寄附金扱いとなるのでしょうか？
第3者との間で合意した価額であれば、関連会社取引ではないので問題ないと思うのですが、いかがでしょうか？

法人が所有している非上場会社の株式をその非上場会社の税務上の評価額よりも低い価格で第3者である法人に売却した場合、低額譲渡に該当し、寄附金扱いとなるのでしょうか？
第3者との間で合意した価額であれば、関連会社取引ではないので問題ないと思うのですが、いかがでしょうか？

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難しい問題です。
税務上の評価額だけが時価というわけではないですが、
第3者との間で合意した価額であれば直ちに時価と認めてもらえるものでもありません。
第3者との間で合意した価額の算定根拠、取引の経緯、税務上の評価額との差異
その他を総合勘案して、合理的な時価と認めてもらうことが必要となります。

難しい問題です。
税務上の評価額だけが時価というわけではないですが、
第3者との間で合意した価額であれば直ちに時価と認めてもらえるものでもありません。
第3者との間で合意した価額の算定根拠、取引の経緯、税務上の評価額との差異
その他を総合勘案して、合理的な時価と認めてもらうことが必要となります。