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まず、どちらが良いかというより、実態として、どちらなのか、という話しになるとは思います。
その辺の判断については、以下の過去ログをご参考にされて下さい。
http://www.otasuke.ne.jp/modules/xhnewbb/viewtopic.php?topic_id=7660&post_id=30358#forumpost30358

単純に、税金計算上の説明をすると、所得税の計算は、収入金額から必要経費を引く事により、所得金額を求めて、そこから社会保険料控除等の所得控除額を控除して課税所得金額を求めるのですが、報酬については、事業所得または雑所得となりますので、収入から実際にかかった経費を引いて所得金額を求める事となります。

一方、給与所得については、必要経費というものが原則として認められていない代わりに、給与所得控除というものが、収入に応じた額だけ、引ける事となります。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1410.htm
（給与が２ヶ所以上ある場合には、最終的には、全ての給与を合算してから給与所得控除額を求める事となります）

ですから、その副業に関して、その社員の方がほとんど経費が発生しないものであれば、報酬であれば、収入のほとんどが課税対象となる事になりますが、給与であれば、実際には経費がかかっていなくても、一定額の給与所得控除額が引けますので、報酬の場合よりは、所得金額が低くなり、結果的に所得税も少なくなる事となります。
もちろん、その代わり、毎月の給与から、乙欄の高い税額が源泉徴収はされる事となりますが、最終的な税額としては、給与の方が少なくて済む事となります。
（報酬の場合でも、内容によっては、源泉徴収されるべきものもありますが）

逆に、経費が余計にかかるようなものであれば、給与の方が税額が高くなる可能性もあり得ます。
（ただ、そんなに経費がかかるのであれば、そもそも報酬では、という気はしますが）

まず、どちらが良いかというより、実態として、どちらなのか、という話しになるとは思います。
その辺の判断については、以下の過去ログをご参考にされて下さい。
http://www.otasuke.ne.jp/modules/xhnewbb/viewtopic.php?topic_id=7660&post_id=30358#forumpost30358

単純に、税金計算上の説明をすると、所得税の計算は、収入金額から必要経費を引く事により、所得金額を求めて、そこから社会保険料控除等の所得控除額を控除して課税所得金額を求めるのですが、報酬については、事業所得または雑所得となりますので、収入から実際にかかった経費を引いて所得金額を求める事となります。

一方、給与所得については、必要経費というものが原則として認められていない代わりに、給与所得控除というものが、収入に応じた額だけ、引ける事となります。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1410.htm
（給与が２ヶ所以上ある場合には、最終的には、全ての給与を合算してから給与所得控除額を求める事となります）

ですから、その副業に関して、その社員の方がほとんど経費が発生しないものであれば、報酬であれば、収入のほとんどが課税対象となる事になりますが、給与であれば、実際には経費がかかっていなくても、一定額の給与所得控除額が引けますので、報酬の場合よりは、所得金額が低くなり、結果的に所得税も少なくなる事となります。
もちろん、その代わり、毎月の給与から、乙欄の高い税額が源泉徴収はされる事となりますが、最終的な税額としては、給与の方が少なくて済む事となります。
（報酬の場合でも、内容によっては、源泉徴収されるべきものもありますが）

逆に、経費が余計にかかるようなものであれば、給与の方が税額が高くなる可能性もあり得ます。
（ただ、そんなに経費がかかるのであれば、そもそも報酬では、という気はしますが）

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kmehen様、的確なアドバイス、過去ログも教えていただき本当にありがとうございました。
確かに必要経費がどれだけ計上出来るかで変わってくるようです。
本人にもその旨を伝えたいと思います。
重ねてありがとうございました。

kmehen様、的確なアドバイス、過去ログも教えていただき本当にありがとうございました。
確かに必要経費がどれだけ計上出来るかで変わってくるようです。
本人にもその旨を伝えたいと思います。
重ねてありがとうございました。

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