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（設例）
A=1,000,000円、B=40,000円、C=1,030,000円
jakkyさんご指摘のケースに合わせ、上の設例で説明します。
このような社員の場合、12月分の給与明細書の所得税欄に、
(1)下段（いつもの段）に「40,000」
(2)上段に「△70,000」
と記載します（どちらが上下かはあまり自信ありませんが）。
国税庁の説明冊子では、上記70,000円のことを（省略しない場合の）「超過額（過納額）」と称しています。さらに続けて、「超過額（過納額）が生じた場合には、その給与（12月給与のこと--jyamada注）から徴収すべき税額（その月分の税額）は、まだ納付されていませんので、その超過額からその徴収すべき税額を控除した残額を還付します」とあります。
これを設例に当てはめますと、
「40,000円はまだ納付されていませんので、70,000円から40,000円を控除した残額である30,000円を還付します」
となります。
この「控除」する手続きが、jakkyさんの言われる「最後の給与の税額（本例では40,000円）に充当する」に該当するものと思われます。
ですので、
『「省略しないで」計算した結果、Ａ＜Ｃだった場合、今年最後の給与からは所得税は徴収不要になるわけです』が、『還付金額はＣ−Ａ＋Ｂということで』はないのです。
ちなみに、"省略した場合"は給与明細書の所得税欄（の下段）には「△30,000」と記載することとなります。
納付書（徴収高計算書）の書き方ですが、当社は"省略して"の方式ですので、"省略しない場合"の納付書のことはよく分かりませんが、本例の40,000円に相当する部分（もちろん全社員分）は、徴収高計算書の(01)欄と(05)欄に両建で記入することになるかも知れません。
いずれにせよ、結果は同じなので、納付書の記載方はどちらでも（両建しなくても）よいようにも思います。
（設例）
A=1,000,000円、B=40,000円、C=1,030,000円
jakkyさんご指摘のケースに合わせ、上の設例で説明します。
このような社員の場合、12月分の給与明細書の所得税欄に、
(1)下段（いつもの段）に「40,000」
(2)上段に「△70,000」
と記載します（どちらが上下かはあまり自信ありませんが）。
国税庁の説明冊子では、上記70,000円のことを（省略しない場合の）「超過額（過納額）」と称しています。さらに続けて、「超過額（過納額）が生じた場合には、その給与（12月給与のこと--jyamada注）から徴収すべき税額（その月分の税額）は、まだ納付されていませんので、その超過額からその徴収すべき税額を控除した残額を還付します」とあります。
これを設例に当てはめますと、
「40,000円はまだ納付されていませんので、70,000円から40,000円を控除した残額である30,000円を還付します」
となります。
この「控除」する手続きが、jakkyさんの言われる「最後の給与の税額（本例では40,000円）に充当する」に該当するものと思われます。
ですので、
『「省略しないで」計算した結果、Ａ＜Ｃだった場合、今年最後の給与からは所得税は徴収不要になるわけです』が、『還付金額はＣ−Ａ＋Ｂということで』はないのです。
ちなみに、"省略した場合"は給与明細書の所得税欄（の下段）には「△30,000」と記載することとなります。
納付書（徴収高計算書）の書き方ですが、当社は"省略して"の方式ですので、"省略しない場合"の納付書のことはよく分かりませんが、本例の40,000円に相当する部分（もちろん全社員分）は、徴収高計算書の(01)欄と(05)欄に両建で記入することになるかも知れません。
いずれにせよ、結果は同じなので、納付書の記載方はどちらでも（両建しなくても）よいようにも思います。
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