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＞ 事業概況説明書の７の売上(収入)高に、弥生会計で出力される売上高を記入するのは間違いなのでしょうか？

おそらく税務署の方が言われたのは、７の売上の事ではなく、「５.経理の状況」の中の「(4)消費税」の「当期課税売上高」の部分ではないかと思います。
７の売上は、総売上で間違いありません。

＞ 調剤薬局の売上は、診療収入は非課税取引で、市販品の売上は課税取引という認識はあってますでしょうか？

基本的に合っています、要するに保険診療に係る薬の売上が非課税で、それ以外の保険外の薬や一般薬等については課税売上高となります。
それ以外にも、雑収入の中にも課税売上となるもの（例えば自販機の手数料収入）があったりしますし、車を下取りで売却した場合も課税売上高となります。

＞ 事業概況説明書の７の売上(収入)高に、弥生会計で出力される売上高を記入するのは間違いなのでしょうか？

おそらく税務署の方が言われたのは、７の売上の事ではなく、「５.経理の状況」の中の「(4)消費税」の「当期課税売上高」の部分ではないかと思います。
７の売上は、総売上で間違いありません。

＞ 調剤薬局の売上は、診療収入は非課税取引で、市販品の売上は課税取引という認識はあってますでしょうか？

基本的に合っています、要するに保険診療に係る薬の売上が非課税で、それ以外の保険外の薬や一般薬等については課税売上高となります。
それ以外にも、雑収入の中にも課税売上となるもの（例えば自販機の手数料収入）があったりしますし、車を下取りで売却した場合も課税売上高となります。

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医療法人や調剤薬局では、課税事業者を選択していないかぎり、多くが「免税事業者｣ではないでしょうか。
でもそうすると、税務署からの問い合わせが理解できませんね。免税事業者が税込み経理となるのは、経理上で消費税を認識しないためですから、「課税売上高｣を尋ねても「わからない｣と答えられることになります。
そもそも消費税を申告していれば、申告書を見ればいいことになります。
おそらく、ニュアンスとして、課税売上げはきわめて少ないことを説明すれば足るのではないでしょうか。課税事業者に該当しないかのチェックするのが「お尋ね」の本旨だと思われます。

なお、介護ベッドや松葉杖、車椅子、補聴器などで商品ごとに消費税非課税となるものが定められています。それらは処方箋によらずに「非課税売上げ｣になります。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/6201.htm

医療法人や調剤薬局では、課税事業者を選択していないかぎり、多くが「免税事業者｣ではないでしょうか。
でもそうすると、税務署からの問い合わせが理解できませんね。免税事業者が税込み経理となるのは、経理上で消費税を認識しないためですから、「課税売上高｣を尋ねても「わからない｣と答えられることになります。
そもそも消費税を申告していれば、申告書を見ればいいことになります。
おそらく、ニュアンスとして、課税売上げはきわめて少ないことを説明すれば足るのではないでしょうか。課税事業者に該当しないかのチェックするのが「お尋ね」の本旨だと思われます。

なお、介護ベッドや松葉杖、車椅子、補聴器などで商品ごとに消費税非課税となるものが定められています。それらは処方箋によらずに「非課税売上げ｣になります。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/6201.htm

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kamehenさん、carrefourさん

早速のお助けありがとうございます！
税務署からの問い合わせ内容は、お二方のご推測通り「５ 経理の状況」の消費税の課税売上高のことで、私の記入ミスと判明。
「７ 主要科目」の総売上高の額を消費税の課税売上高欄へそのまま転記してしまってました。（税務署でそのままの額で処理されていれば２年後には課税事業者に適用されてしまってた…ﾄﾎﾎ）
早速修正したものを郵送いたしました。

税務署さんにも皆さんにも感謝です。
ありがとうございました。

kamehenさん、carrefourさん

早速のお助けありがとうございます！
税務署からの問い合わせ内容は、お二方のご推測通り「５ 経理の状況」の消費税の課税売上高のことで、私の記入ミスと判明。
「７ 主要科目」の総売上高の額を消費税の課税売上高欄へそのまま転記してしまってました。（税務署でそのままの額で処理されていれば２年後には課税事業者に適用されてしまってた…ﾄﾎﾎ）
早速修正したものを郵送いたしました。

税務署さんにも皆さんにも感謝です。
ありがとうございました。

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