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　当社のアルバイトくんが、年の途中から別のアルバイトを掛け持ちしはじめ、そちらにも今年の「扶養控除等(異動)申告書」を提出していることがわかりました(つまり、当社と二重に提出）。
　そちらの方が収入が多いため、年末調整はそちらで受けるのが妥当だと思うので、12月支払給与から当社分は乙欄適用に切り替える予定ですが、当社とその会社と両方とも甲欄適用で源泉徴収してしまった期間の修正は、どのようにすればいいのでしょうか？

　当社のアルバイトくんが、年の途中から別のアルバイトを掛け持ちしはじめ、そちらにも今年の「扶養控除等(異動)申告書」を提出していることがわかりました(つまり、当社と二重に提出）。
　そちらの方が収入が多いため、年末調整はそちらで受けるのが妥当だと思うので、12月支払給与から当社分は乙欄適用に切り替える予定ですが、当社とその会社と両方とも甲欄適用で源泉徴収してしまった期間の修正は、どのようにすればいいのでしょうか？

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本来は、会社は、従業員本人からの申告（扶養控除等申告書）に基づいて処理するものですから、そのアルバイトに責任はある事とはなります。

ですから、順序から言えば、harubonさんの会社に最初に扶養控除等申告書を提出して処理されていたのでしょうから、年末調整もharubonさんの会社でされるべきもので、後から提出した方を本来は乙欄扱いに切り替えてもらうべきものと思います。

ただ、どうしても、そちらで年末調整されるというのであれば、harubonさんの会社では、わかった時点から乙欄扱いで処理されれば、特に遡っての処理はする必要はないものと思います。
あくまでも、会社としては、本人からの申告に基づいて正しく誠実に処理をしている、という事ですから。

もちろん、その方本人は、確定申告はしなければならない事となります。

本来は、会社は、従業員本人からの申告（扶養控除等申告書）に基づいて処理するものですから、そのアルバイトに責任はある事とはなります。

ですから、順序から言えば、harubonさんの会社に最初に扶養控除等申告書を提出して処理されていたのでしょうから、年末調整もharubonさんの会社でされるべきもので、後から提出した方を本来は乙欄扱いに切り替えてもらうべきものと思います。

ただ、どうしても、そちらで年末調整されるというのであれば、harubonさんの会社では、わかった時点から乙欄扱いで処理されれば、特に遡っての処理はする必要はないものと思います。
あくまでも、会社としては、本人からの申告に基づいて正しく誠実に処理をしている、という事ですから。

もちろん、その方本人は、確定申告はしなければならない事となります。

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