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資金繰りが悪いため役員の給料は2ｹ月払っていません。社会保険は口座から引き落とされているので役員負担分を「立替金」として処理しています。現在は給料の金額と同額を未払い金として計上していますが、
給料1000／未払い金1000
支払ったときに社会保険負担分を引く仕訳をたてるものなのでしょうか。それとも給料の支払義務と同時に社会保険の徴収権利もあるので未払い金から社会保険控除相当額を控除して
給料1000／所得税預り金100
　　　　／社会保険預り金150
　　　　／未払い金750

とするのでしょうか。
一般的にはどう計上するのでしょうか

資金繰りが悪いため役員の給料は2ｹ月払っていません。社会保険は口座から引き落とされているので役員負担分を「立替金」として処理しています。現在は給料の金額と同額を未払い金として計上していますが、
給料1000／未払い金1000
支払ったときに社会保険負担分を引く仕訳をたてるものなのでしょうか。それとも給料の支払義務と同時に社会保険の徴収権利もあるので未払い金から社会保険控除相当額を控除して
給料1000／所得税預り金100
　　　　／社会保険預り金150
　　　　／未払い金750

とするのでしょうか。
一般的にはどう計上するのでしょうか

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>ちなみに今年度Ｈ17の11月12月分の役員報酬が未払いだったのですがこれは年末調整の時未払い分を含めて集計して良かったのでしょうか？
（現在Ｈ１７の11月12月は遅れて1月2月に支払っています。）

その通りで間違いありません。
給与所得については、定められた支給日が収益の計上時期となりますので、源泉徴収そのものは支払った時にすべきものではありますが、年末調整の対象には、当然支給日が経過しているにも関わらず支払われていないものも含まれます。
該当の、所得税基本通達を掲げますね。

（給与所得の収入金額の収入すべき時期）
36−9　給与所得の収入金額の収入すべき時期は、それぞれ次に掲げる日によるものとする。（昭63直法６−１、直所３−１改正）
(1) 契約又は慣習により支給日が定められている給与等についてはその支給日、その日が定められていないものについてはその支給を受けた日
（以下省略）

ですから、以下のサイトにもありますが、支給日において支払うことが確定したものとされますので、未払いのものも含めて、年末調整の計算をすべき事となります。
（年末調整の計算の基礎となる源泉徴収税額も、未払い分も支払いがあったものとして源泉徴収されたものとして仮定して集計に含め、過不足を計算すべき事となります。）
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2668.htm

>上司が「払っていないのだから年末調整に含めるのは変ではないか」という話もありました。でも支払日基準で役員報酬を集計し年末調整をしてしまうと月々の報酬金額に変動は無いのに当年と翌年の年収に差が出てしまうことになります。年収に差が出てしまう方が変だと思うのですが、どうなんでしょうか？

上記の説明の通りで、上司の方の認識が誤りで、popさんの認識が正しい事になります。

>ちなみに今年度Ｈ17の11月12月分の役員報酬が未払いだったのですがこれは年末調整の時未払い分を含めて集計して良かったのでしょうか？
（現在Ｈ１７の11月12月は遅れて1月2月に支払っています。）

その通りで間違いありません。
給与所得については、定められた支給日が収益の計上時期となりますので、源泉徴収そのものは支払った時にすべきものではありますが、年末調整の対象には、当然支給日が経過しているにも関わらず支払われていないものも含まれます。
該当の、所得税基本通達を掲げますね。

（給与所得の収入金額の収入すべき時期）
36−9　給与所得の収入金額の収入すべき時期は、それぞれ次に掲げる日によるものとする。（昭63直法６−１、直所３−１改正）
(1) 契約又は慣習により支給日が定められている給与等についてはその支給日、その日が定められていないものについてはその支給を受けた日
（以下省略）

ですから、以下のサイトにもありますが、支給日において支払うことが確定したものとされますので、未払いのものも含めて、年末調整の計算をすべき事となります。
（年末調整の計算の基礎となる源泉徴収税額も、未払い分も支払いがあったものとして源泉徴収されたものとして仮定して集計に含め、過不足を計算すべき事となります。）
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2668.htm

>上司が「払っていないのだから年末調整に含めるのは変ではないか」という話もありました。でも支払日基準で役員報酬を集計し年末調整をしてしまうと月々の報酬金額に変動は無いのに当年と翌年の年収に差が出てしまうことになります。年収に差が出てしまう方が変だと思うのですが、どうなんでしょうか？

上記の説明の通りで、上司の方の認識が誤りで、popさんの認識が正しい事になります。

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