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回答ありがとうございました。
了解いたしました

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まったくそのとおりです。

会社に不動産を譲り渡した貴殿は、所得税の計算上は、あくまでも時価6,000万円で不動産を会社に売却したことになりますので、これを不動産の譲渡所得として来年３月１５日までに確定申告と税金の納付をしなければなりません。

会社側は、時価6,000万円の価値がある不動産をたった1,000万円で取得できたわけですから、差額の5,000万円部分については、ただで資産をもらえてラッキーということになりますので、受贈益（収益）5,000万円を忘れずに計上してください。
黒字会社であれば、その受贈益5,000万円に対して法人税がかかることになりますので、その会社の法人税の確定申告期限までに頑張って納税しましょう。

本来であれば、適正な時価で売買するのが基本ですが（私だったらそうしますが）、そうではなくてなぜか著しく低い価額で売買してしまったのですから、日本の税法の定めるところにより時価で売買があったものとして適正に計算して申告納税するしかないでしょう。

取引そのものは民法上自由ですし、契約として有効です。
そういう取引をしたいのであればもちろんしてかまいませんし、そのこと自体は違法なことでもなんでもありません。
ただ単に、税金さえ払えばすむ話です。

まったくそのとおりです。

会社に不動産を譲り渡した貴殿は、所得税の計算上は、あくまでも時価6,000万円で不動産を会社に売却したことになりますので、これを不動産の譲渡所得として来年３月１５日までに確定申告と税金の納付をしなければなりません。

会社側は、時価6,000万円の価値がある不動産をたった1,000万円で取得できたわけですから、差額の5,000万円部分については、ただで資産をもらえてラッキーということになりますので、受贈益（収益）5,000万円を忘れずに計上してください。
黒字会社であれば、その受贈益5,000万円に対して法人税がかかることになりますので、その会社の法人税の確定申告期限までに頑張って納税しましょう。

本来であれば、適正な時価で売買するのが基本ですが（私だったらそうしますが）、そうではなくてなぜか著しく低い価額で売買してしまったのですから、日本の税法の定めるところにより時価で売買があったものとして適正に計算して申告納税するしかないでしょう。

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ただ単に、税金さえ払えばすむ話です。

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