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質問の真意が分かりかねるのですが、今までの営業所も他の県or市にあるのですよね？
分割基準となる人員が存在するなら今年も申告の対象になります。

昨年A県で100の年税額であれば、今期の予定申告はAで昨年度の1/2の50です。
（中間申告でもいいです）
今年B県に新たに営業所を作って、同じく100の年税額が出て、AとBで40と60に分割することになった場合、期末は、Aは既に50の納付がありますから40−50＝△10で10の還付になり、Bに60の納付、となります。

質問の真意が分かりかねるのですが、今までの営業所も他の県or市にあるのですよね？
分割基準となる人員が存在するなら今年も申告の対象になります。

昨年A県で100の年税額であれば、今期の予定申告はAで昨年度の1/2の50です。
（中間申告でもいいです）
今年B県に新たに営業所を作って、同じく100の年税額が出て、AとBで40と60に分割することになった場合、期末は、Aは既に50の納付がありますから40−50＝△10で10の還付になり、Bに60の納付、となります。

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解りやすくご説明いただいてありがとうございます。

じゃ決算のときには今までの所在地の県と市は還付になるということでしょうか？

解りやすくご説明いただいてありがとうございます。

じゃ決算のときには今までの所在地の県と市は還付になるということでしょうか？

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中間申告義務は前年度の税額で決まりますが、今まで事業所がなかった都道府県・市町村には前年度の税額がないので、当然中間申告義務も生じません。
「予定申告」の場合前期の1/2の計算ができませんので。
申告義務がない場合、均等割の納付も不要です。
もちろん、「義務」ではないだけで、払ってもなんら問題はありません。
半期実績による「中間申告」をするなら納付額は前期の税額に依存しませんから、課税標準の分割をして新しい県・市にも払うほうがやりやすいでしょう。
どのみち期末確定額の一部を先払いするだけのことですので。

中間申告義務は前年度の税額で決まりますが、今まで事業所がなかった都道府県・市町村には前年度の税額がないので、当然中間申告義務も生じません。
「予定申告」の場合前期の1/2の計算ができませんので。
申告義務がない場合、均等割の納付も不要です。
もちろん、「義務」ではないだけで、払ってもなんら問題はありません。
半期実績による「中間申告」をするなら納付額は前期の税額に依存しませんから、課税標準の分割をして新しい県・市にも払うほうがやりやすいでしょう。
どのみち期末確定額の一部を先払いするだけのことですので。

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