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原則的には消費税の修正申告をすることになります。

>申告書の課税仕入の数値には、返金された過払い分だけを加算すればよいのでしょうか？

返金された過払い分を加算するだけではだめです。
税法上は消費税額部分は価格の一部に過ぎないということになっています。そのため税額部分だけで納付税額を計算するわけでなく本体価格と税額の合計（この合計を「課税仕入れに係る支払い対価の額」といいます）で計算します。
分かりにくいかも知れませんが、要するに簿記上は仮払消費税等と仮受消費税等の差額で未払消費税等（納付税額）を計算しますが、消費税法上はそのような計算方法ではないということです。

さらに今回は金額の誤りだけではなく、非課税仕入れとすべきところを課税仕入れとしてしまったという誤りもあるようなので、なおさら修正申告をした方がよいでしょう。

ただ、誤りがあった課税期間で簡易課税を選択していた場合や修正金額が少額なとき（税額で１００円未満とか）は消費税の納付税額に影響しませんので、前期損益修正で修正してもいいと思います。

現金預金　×××／前期損益修正益　×××

簡易課税を選択していた場合は課税仕入れは税額計算で使用しないため納付税額に影響を与えませんし、税額で１００円未満のときは納付税額から切り捨てられるためです。

原則的には消費税の修正申告をすることになります。

>申告書の課税仕入の数値には、返金された過払い分だけを加算すればよいのでしょうか？

返金された過払い分を加算するだけではだめです。
税法上は消費税額部分は価格の一部に過ぎないということになっています。そのため税額部分だけで納付税額を計算するわけでなく本体価格と税額の合計（この合計を「課税仕入れに係る支払い対価の額」といいます）で計算します。
分かりにくいかも知れませんが、要するに簿記上は仮払消費税等と仮受消費税等の差額で未払消費税等（納付税額）を計算しますが、消費税法上はそのような計算方法ではないということです。

さらに今回は金額の誤りだけではなく、非課税仕入れとすべきところを課税仕入れとしてしまったという誤りもあるようなので、なおさら修正申告をした方がよいでしょう。

ただ、誤りがあった課税期間で簡易課税を選択していた場合や修正金額が少額なとき（税額で１００円未満とか）は消費税の納付税額に影響しませんので、前期損益修正で修正してもいいと思います。

現金預金　×××／前期損益修正益　×××

簡易課税を選択していた場合は課税仕入れは税額計算で使用しないため納付税額に影響を与えませんし、税額で１００円未満のときは納付税額から切り捨てられるためです。

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「先期の申告では、本体を含めた額を課税仕入額から差し引いています。」
とあるのはもしかしたら、本件で最初に支払った金額（間違った金額）を全く課税仕入高に算入していないと言う事ではないでしょうか。
だとすれば申告は正しく行われていたんじゃないかと思います。
この前提が正しければ、当期に返還された金額は非課税仕入の返還ですから、課税仕入の数値には関係ないと思います。

「先期の申告では、本体を含めた額を課税仕入額から差し引いています。」
とあるのはもしかしたら、本件で最初に支払った金額（間違った金額）を全く課税仕入高に算入していないと言う事ではないでしょうか。
だとすれば申告は正しく行われていたんじゃないかと思います。
この前提が正しければ、当期に返還された金額は非課税仕入の返還ですから、課税仕入の数値には関係ないと思います。

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