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そもそも扶養控除等申告書は、年初（中途入社の場合は入社時）に提出してもらうべきもので、年末調整というより、毎月の源泉徴収のための書類であります。

この提出がある場合は、税額表の甲欄により源泉徴収されますので、月額87,000円未満の場合は、源泉徴収税額は０円となりますし、年末まで在職していれば年末調整も受けられます。
この提出がない場合は、税額表の乙欄により源泉徴収すべき事となりますので、金額が少額であったとしても最低でも５％の源泉徴収をされるべき事となりますし、甲欄よりも高い税額で源泉徴収される事となります。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2511.htm

ですから、仮に年初に提出してもらっていないのに、源泉徴収していないのであれば、事後的にでも提出してもらわないと、今まで１年分を遡って乙欄で源泉徴収しなければならない事となります。

ですから税金を払っていないのは、扶養控除等申告書の提出が前提の訳で、これを提出してもらわないと、今までの分も乙欄で遡って源泉徴収することになってしまう旨を本人に伝えるべきと思います。
応じてもらえないのであれば、毎月の１年分を乙欄で源泉徴収税額を計算して、次の給料の時にでもまとめて差し引くしかないと思います。

そもそも扶養控除等申告書は、年初（中途入社の場合は入社時）に提出してもらうべきもので、年末調整というより、毎月の源泉徴収のための書類であります。

この提出がある場合は、税額表の甲欄により源泉徴収されますので、月額87,000円未満の場合は、源泉徴収税額は０円となりますし、年末まで在職していれば年末調整も受けられます。
この提出がない場合は、税額表の乙欄により源泉徴収すべき事となりますので、金額が少額であったとしても最低でも５％の源泉徴収をされるべき事となりますし、甲欄よりも高い税額で源泉徴収される事となります。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2511.htm

ですから、仮に年初に提出してもらっていないのに、源泉徴収していないのであれば、事後的にでも提出してもらわないと、今まで１年分を遡って乙欄で源泉徴収しなければならない事となります。

ですから税金を払っていないのは、扶養控除等申告書の提出が前提の訳で、これを提出してもらわないと、今までの分も乙欄で遡って源泉徴収することになってしまう旨を本人に伝えるべきと思います。
応じてもらえないのであれば、毎月の１年分を乙欄で源泉徴収税額を計算して、次の給料の時にでもまとめて差し引くしかないと思います。

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とてもわかりやすかったです。
ありがとうございました。
とても感謝です。

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