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　回答になるかわかりませんが。
　また、例えば厚労省関連の申請等も電子で行う計画であれば選択も変ってこようかと思いますが、こと税務署がらみに限定して経験を申しますと、ネット環境が整っているものとして、
(1)電子証明書は市役所で取得（公的個人認証）
個人（社長）の住基カード（500円）に電子証明書を入れこんでもらう（500円）。計1,000円。
なお、電子証明書は３年間有効。３年ごとに500円かかる。各種電子証明書のなかでこれが一番安価と思われます。
(2)ICカードリーダーは安価なもので3000円強。
(3)ソフトは税務当局から無償で提供される。
　こうして、極めて少ない投資で、毎月の源泉所得税納付のための銀行通い（勿論、法人税、消費税の中間納付なども）が不要となりました。
　以上、論点がズレたかも知れませんが、少しでも参考になれば幸いです（本論の、電子証明書の有効期間は、どんなものでも有限だと思いますよ）。

（追記）最後に意外なところに落とし穴がありました。自社のメインバンクがペイジーに対応していないと電子納税はできません。三菱東京UFJ（ともあろう）銀行が法人のペイジーに対応していなかったのです。しかたなく、メインバンクを三井住友に変更しました。

　回答になるかわかりませんが。
　また、例えば厚労省関連の申請等も電子で行う計画であれば選択も変ってこようかと思いますが、こと税務署がらみに限定して経験を申しますと、ネット環境が整っているものとして、
(1)電子証明書は市役所で取得（公的個人認証）
個人（社長）の住基カード（500円）に電子証明書を入れこんでもらう（500円）。計1,000円。
なお、電子証明書は３年間有効。３年ごとに500円かかる。各種電子証明書のなかでこれが一番安価と思われます。
(2)ICカードリーダーは安価なもので3000円強。
(3)ソフトは税務当局から無償で提供される。
　こうして、極めて少ない投資で、毎月の源泉所得税納付のための銀行通い（勿論、法人税、消費税の中間納付なども）が不要となりました。
　以上、論点がズレたかも知れませんが、少しでも参考になれば幸いです（本論の、電子証明書の有効期間は、どんなものでも有限だと思いますよ）。

（追記）最後に意外なところに落とし穴がありました。自社のメインバンクがペイジーに対応していないと電子納税はできません。三菱東京UFJ（ともあろう）銀行が法人のペイジーに対応していなかったのです。しかたなく、メインバンクを三井住友に変更しました。

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実際に法人申告を電子申告で行ってみましたが、
国税E-TAXのｿﾌﾄで作成できる申告書にはかなり限界があり、
帳票枚数の少ないものであれば、行うメリットがあると思います
（例）源泉税徴収高計算書、消費税申告、所得税確定申告(A)
法人の申告については、別表枚数の多さと内訳書等を含めると20〜30Pに及ぶ為国税E-TAXのｿﾌﾄでは正直無理があると思われます。各ソフト会社のものを検討してください。

また、法人税申告については、現在地方税（特に市町村）が対応していないため、結果的に市町村分だけ紙で作成しなくてはなら
ないため時期尚早なように思います。

ペイジーに関してはまだ対応しているインターネットバンキングは少ないのですがATMで振込が出来るので、3時を過ぎても近くのATMから振込が出きりメリットはあると思います。
ただし、ペイジーでの振込の際には収納者番号(5桁)利用者識別番号(13桁)納税確認番号(6-10桁)納税目的番号(10桁)の入力が必要であり、正直ATMで行うには無理があるように思います。

実際に法人申告を電子申告で行ってみましたが、
国税E-TAXのｿﾌﾄで作成できる申告書にはかなり限界があり、
帳票枚数の少ないものであれば、行うメリットがあると思います
（例）源泉税徴収高計算書、消費税申告、所得税確定申告(A)
法人の申告については、別表枚数の多さと内訳書等を含めると20〜30Pに及ぶ為国税E-TAXのｿﾌﾄでは正直無理があると思われます。各ソフト会社のものを検討してください。

また、法人税申告については、現在地方税（特に市町村）が対応していないため、結果的に市町村分だけ紙で作成しなくてはなら
ないため時期尚早なように思います。

ペイジーに関してはまだ対応しているインターネットバンキングは少ないのですがATMで振込が出来るので、3時を過ぎても近くのATMから振込が出きりメリットはあると思います。
ただし、ペイジーでの振込の際には収納者番号(5桁)利用者識別番号(13桁)納税確認番号(6-10桁)納税目的番号(10桁)の入力が必要であり、正直ATMで行うには無理があるように思います。

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電子認証は、実印のようなものですから、プロテクトのしっかりしたパソコンに保存するか、ＰＣには保存せず、メモリースティックに保存して金庫に保管するなどして、簡単にコピーされないような、厳格な管理が必要です。

なお、三菱東京ＵＦＪ銀行も１１月からペイジー対応できます。

Ｅ−ＴＡＸは、国家プロジェクト並みの強力な圧力でもって、有無を言わさぬ導入を税務当局から強制されましたが、
現実に使えるのは、消費税と源泉税くらいです。

先日、税務署長たちと飲む機会がありましたが、ホンネは、「あんな欠陥商品を売らされる身にもなってくれ」でした。

とはいえ、役所などの手続きは、このような電子化の波にに乗っていくと考えるのが自然で、税務署に問い合わせたら、すぐに２人も係りの人がやってきて、設定から指導まで全部やっていただけました。税金を納めているのだから、使える役人は遠慮なく使えばよいと思います。

電子認証は、実印のようなものですから、プロテクトのしっかりしたパソコンに保存するか、ＰＣには保存せず、メモリースティックに保存して金庫に保管するなどして、簡単にコピーされないような、厳格な管理が必要です。

なお、三菱東京ＵＦＪ銀行も１１月からペイジー対応できます。

Ｅ−ＴＡＸは、国家プロジェクト並みの強力な圧力でもって、有無を言わさぬ導入を税務当局から強制されましたが、
現実に使えるのは、消費税と源泉税くらいです。

先日、税務署長たちと飲む機会がありましたが、ホンネは、「あんな欠陥商品を売らされる身にもなってくれ」でした。

とはいえ、役所などの手続きは、このような電子化の波にに乗っていくと考えるのが自然で、税務署に問い合わせたら、すぐに２人も係りの人がやってきて、設定から指導まで全部やっていただけました。税金を納めているのだから、使える役人は遠慮なく使えばよいと思います。

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アドバイス有難うございます。
　先日も、税務署からどうですか？と電話がありました。
電子証明書を取得するのに代表者個人の住基カードが絡んでくると取扱が公私混同になりそうですよね。
社長に依頼するのもちょっと気が引けます。
代表者が自ら経理をやっているなら有りですよね。
　コスト的には安くて良さそうなのですが・・・
なので、法務局での代表者の電子証明書と考えたのです。
　法務局で代表者の電子証明書を取得して使っている方がおりましたらアドバイスお願い致しますm(__)m
　

アドバイス有難うございます。
　先日も、税務署からどうですか？と電話がありました。
電子証明書を取得するのに代表者個人の住基カードが絡んでくると取扱が公私混同になりそうですよね。
社長に依頼するのもちょっと気が引けます。
代表者が自ら経理をやっているなら有りですよね。
　コスト的には安くて良さそうなのですが・・・
なので、法務局での代表者の電子証明書と考えたのです。
　法務局で代表者の電子証明書を取得して使っている方がおりましたらアドバイスお願い致しますm(__)m
　

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