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いつその従業員に貸し付けて、いつ居なくなったかが詳しくわかりませんが、
督促を出したり、家族への連絡（入社時に書いてもらうはず）等
をし、それでも連絡がとれず相当の期間が経過しないと、
損金算入は無理だと思います。
税務署は回収する為の手立てをせず、また数ヶ月で回収不能とは
認めてくれません。。

従業員への貸付の際、契約書は交わしているのでしょうか。
貸付の時に会社が従業員に支払った証明はあるのでしょうか。
これが無い場合損金算入するのはもっと難しくなります。

いつその従業員に貸し付けて、いつ居なくなったかが詳しくわかりませんが、
督促を出したり、家族への連絡（入社時に書いてもらうはず）等
をし、それでも連絡がとれず相当の期間が経過しないと、
損金算入は無理だと思います。
税務署は回収する為の手立てをせず、また数ヶ月で回収不能とは
認めてくれません。。

従業員への貸付の際、契約書は交わしているのでしょうか。
貸付の時に会社が従業員に支払った証明はあるのでしょうか。
これが無い場合損金算入するのはもっと難しくなります。

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momonmoさんも書かれているように、たとえ会社で貸倒引当金を設定しり、貸倒損失に計上したとしても、債権回収の努力をしないと税務署はそれを損金（税法上の費用損失）としては認めないだろうと思います。
元従業員というのが、役員の身内だったりすると、税金逃れのためにわざと会社のお金を貸し付けて、貸倒引当金を設定したり、貸倒損失に落として会社の費用損失を水増ししているのではないか？という疑惑の目でみられることになります。

そうではなくて、その元従業員というのが、役員の身内ではない、赤の他人であることを前提に考えてみましょう。

＜事前準備＞
その元従業員に対してお金を貸し付けた事実を証明するための証拠をしっかりと集めておきます。
1.その従業員と会社が結んだ「金銭消費貸借契約書」。（お金を貸します・借ります、という契約書。これがあると非常によい。）
2.銀行振込みで貸し付けたのでしたら、その送金時の振込書類。
3.以前に一部でも返済があったのでしたら、その返済を受けたことを証明できるような書類。（給与明細や入金した預金通帳など。）


＜貸付債権回収のための手段　その１＞

その従業員に対する退職金はありませんか？
もしもまだ退職金が未払いなのであれば、その退職金と貸付金を相殺するという方法があります。

もしも自己都合によるとした場合の退職金が、退職金規定により６０万円あったとします。
この場合、仕訳としては、
　退職金６０万円　／　貸付金６０万円
となり、その従業員に対する貸付金１００万円のうち６０万円は、この方法で回収できます。


＜貸付債権回収のための手段　その２＞

弁護士さんに相談し、その従業員に対する貸付金残高の返済をさせるような文書（督促状など）を弁護士の先生を通して発送してもらいます。
（もちろん内容証明郵便で。）
こうして、債権回収にむけた努力をしていることを証拠として残します。


＜貸付債権回収のための手段　その３　最後の処理＞
再三回収にむけた努力をしているにもかかわらず、どうしても回収が不可能であり、１年近く音信不通なのでしたら、「債権放棄の通知書」を本人の住所地に内容証明郵便で送ります。
受取人不在で郵便局から返されてきますので、それを債権放棄の通知をした証拠書類として保存します。
これにより、貸付金残高を貸倒損失として処理できます。


参考資料：不良債権を損金計上するには？
http://biz.yahoo.co.jp/tax/info/corporation/b-24-page.html


貸倒引当金の設定
一般的には、法人税法の基準により、税法上の損金として認められる金額を貸倒引当金として設定することが多いです。
しかし、税法上認められなくとも、会社の基準で会社の実情にあわせて貸倒引当金を設定するんだ、という会社もあります。
この場合は、会計上の貸倒引当金と、法人税法上の貸倒引当金が違ってきますので、法人税法上、「申告調整」をする必要がでてきます。
また、「税効果会計」というのも関係してくるかもしれません。
それでよければ、債権金額の100％を引き当てるとした場合、
　貸倒引当金繰入額100万円　／　貸倒引当金100万円
と仕訳します。

そういったものが何だかサッパリわからん、というのでしたら、単純に法人税法上の基準で貸倒引当金を設定することをお勧めします。
（ここいらへんは上司とよく相談して決めてください。）

もしも、法人税法基準で貸倒引当金を設定する場合、
1.貸倒引当金の繰入限度額を計算する。
2.その金額を使って、
　貸倒引当金繰入額　／　貸倒引当金
　という仕訳をします。

法人税法上の貸倒引当金の繰入限度額の計算がどうしてもわからない、という場合には、貸倒引当金は設定せず、債権の回収不能が確定したときに（たとえば債権放棄通知書を郵送したとき）に、貸付金残高を貸倒損失に計上するだけ、という方法もあります。
（これについては、回収見込みのない債権に対して決算で貸倒引当金を設定しないのは、あまり健全な企業会計とはいえない、という批判があります。）


あんまりうまく説明できませんが、参考にしていただけたら幸いです。

momonmoさんも書かれているように、たとえ会社で貸倒引当金を設定しり、貸倒損失に計上したとしても、債権回収の努力をしないと税務署はそれを損金（税法上の費用損失）としては認めないだろうと思います。
元従業員というのが、役員の身内だったりすると、税金逃れのためにわざと会社のお金を貸し付けて、貸倒引当金を設定したり、貸倒損失に落として会社の費用損失を水増ししているのではないか？という疑惑の目でみられることになります。

そうではなくて、その元従業員というのが、役員の身内ではない、赤の他人であることを前提に考えてみましょう。

＜事前準備＞
その元従業員に対してお金を貸し付けた事実を証明するための証拠をしっかりと集めておきます。
1.その従業員と会社が結んだ「金銭消費貸借契約書」。（お金を貸します・借ります、という契約書。これがあると非常によい。）
2.銀行振込みで貸し付けたのでしたら、その送金時の振込書類。
3.以前に一部でも返済があったのでしたら、その返済を受けたことを証明できるような書類。（給与明細や入金した預金通帳など。）


＜貸付債権回収のための手段　その１＞

その従業員に対する退職金はありませんか？
もしもまだ退職金が未払いなのであれば、その退職金と貸付金を相殺するという方法があります。

もしも自己都合によるとした場合の退職金が、退職金規定により６０万円あったとします。
この場合、仕訳としては、
　退職金６０万円　／　貸付金６０万円
となり、その従業員に対する貸付金１００万円のうち６０万円は、この方法で回収できます。


＜貸付債権回収のための手段　その２＞

弁護士さんに相談し、その従業員に対する貸付金残高の返済をさせるような文書（督促状など）を弁護士の先生を通して発送してもらいます。
（もちろん内容証明郵便で。）
こうして、債権回収にむけた努力をしていることを証拠として残します。


＜貸付債権回収のための手段　その３　最後の処理＞
再三回収にむけた努力をしているにもかかわらず、どうしても回収が不可能であり、１年近く音信不通なのでしたら、「債権放棄の通知書」を本人の住所地に内容証明郵便で送ります。
受取人不在で郵便局から返されてきますので、それを債権放棄の通知をした証拠書類として保存します。
これにより、貸付金残高を貸倒損失として処理できます。


参考資料：不良債権を損金計上するには？
http://biz.yahoo.co.jp/tax/info/corporation/b-24-page.html


貸倒引当金の設定
一般的には、法人税法の基準により、税法上の損金として認められる金額を貸倒引当金として設定することが多いです。
しかし、税法上認められなくとも、会社の基準で会社の実情にあわせて貸倒引当金を設定するんだ、という会社もあります。
この場合は、会計上の貸倒引当金と、法人税法上の貸倒引当金が違ってきますので、法人税法上、「申告調整」をする必要がでてきます。
また、「税効果会計」というのも関係してくるかもしれません。
それでよければ、債権金額の100％を引き当てるとした場合、
　貸倒引当金繰入額100万円　／　貸倒引当金100万円
と仕訳します。

そういったものが何だかサッパリわからん、というのでしたら、単純に法人税法上の基準で貸倒引当金を設定することをお勧めします。
（ここいらへんは上司とよく相談して決めてください。）

もしも、法人税法基準で貸倒引当金を設定する場合、
1.貸倒引当金の繰入限度額を計算する。
2.その金額を使って、
　貸倒引当金繰入額　／　貸倒引当金
　という仕訳をします。

法人税法上の貸倒引当金の繰入限度額の計算がどうしてもわからない、という場合には、貸倒引当金は設定せず、債権の回収不能が確定したときに（たとえば債権放棄通知書を郵送したとき）に、貸付金残高を貸倒損失に計上するだけ、という方法もあります。
（これについては、回収見込みのない債権に対して決算で貸倒引当金を設定しないのは、あまり健全な企業会計とはいえない、という批判があります。）


あんまりうまく説明できませんが、参考にしていただけたら幸いです。

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