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確かに、免税事業者である期間については、税込経理方式しか認められていませんので、１期目は良いとしても、２期目は問題はありますよね。
ただ、税抜経理していたとしても、最終的に決算内に、仮受消費税と仮払消費税の差額を雑収入か何かに振り替えているのであれば、最終的な所得金額は変わらず、問題になるとしたら減価償却資産の取得価額の違いや、交際費の消費税分の違いぐらいですので、金額的には少額のものかと思います。
（ぎりぎりの少額減価償却資産があった場合は、金額が大きくなりますが）

ただ、雑収入等への振替処理もしていないのであれば、やはり第２期分については修正申告しなければならないものと思います。

もし、３期目で雑収入等で受け入れているのであれば、逆に３期目は更正の請求により法人税等の還付を受ける事になるとは思います。

その辺の事実関係がわかれば、もう少し詳しく回答できると思いますが、どうなのでしょうか？

確かに、免税事業者である期間については、税込経理方式しか認められていませんので、１期目は良いとしても、２期目は問題はありますよね。
ただ、税抜経理していたとしても、最終的に決算内に、仮受消費税と仮払消費税の差額を雑収入か何かに振り替えているのであれば、最終的な所得金額は変わらず、問題になるとしたら減価償却資産の取得価額の違いや、交際費の消費税分の違いぐらいですので、金額的には少額のものかと思います。
（ぎりぎりの少額減価償却資産があった場合は、金額が大きくなりますが）

ただ、雑収入等への振替処理もしていないのであれば、やはり第２期分については修正申告しなければならないものと思います。

もし、３期目で雑収入等で受け入れているのであれば、逆に３期目は更正の請求により法人税等の還付を受ける事になるとは思います。

その辺の事実関係がわかれば、もう少し詳しく回答できると思いますが、どうなのでしょうか？

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kamehenさん、ありがとうございます。
お礼が遅れましてすみません。

振替処理はしていません。
そういう処理をするということも勉強不足で知りませんでした。

1〜3期まで一人で経理をやってきましたが、
全く情けないのですが、自分ひとりでやるのは限界を感じて
社長にお願いしてなんとか税理士の先生に見直しを依頼することになりました。
今日来ていただいてみてもらいましたが、どうやら修正申告をしなければならないようです。

先生にお願いしたとはいえ、日々の仕訳は私の仕事ですので
これからも精進します。また何かの時はご教授ください。
お忙しい中、お時間を割いていただき本当にありがとうございました。

kamehenさん、ありがとうございます。
お礼が遅れましてすみません。

振替処理はしていません。
そういう処理をするということも勉強不足で知りませんでした。

1〜3期まで一人で経理をやってきましたが、
全く情けないのですが、自分ひとりでやるのは限界を感じて
社長にお願いしてなんとか税理士の先生に見直しを依頼することになりました。
今日来ていただいてみてもらいましたが、どうやら修正申告をしなければならないようです。

先生にお願いしたとはいえ、日々の仕訳は私の仕事ですので
これからも精進します。また何かの時はご教授ください。
お忙しい中、お時間を割いていただき本当にありがとうございました。

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