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いつも助けてもらっています。今回もまたよろしくお願いします。

当社のP/Aさんで、「2か所で働いてて一方のほうで年末調整するのでしなくて結構です」と言われました。
この場合、源泉徴収票の発行だけでいいのでしょうか？
乙欄・甲欄の区別がよくわからないのですが、その辺もかかわってきますか？
また、扶養控除申請書は書いてもらうべきですか？
初歩的な質問ですみませんがよろしくおねがしいます。

いつも助けてもらっています。今回もまたよろしくお願いします。

当社のP/Aさんで、「2か所で働いてて一方のほうで年末調整するのでしなくて結構です」と言われました。
この場合、源泉徴収票の発行だけでいいのでしょうか？
乙欄・甲欄の区別がよくわからないのですが、その辺もかかわってきますか？
また、扶養控除申請書は書いてもらうべきですか？
初歩的な質問ですみませんがよろしくおねがしいます。

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「年末調整のしかた」という冊子はまだお手元に届いてませんか？
まずそれを見ながら考えてみてください。
もしなければfkaikei様が貼られてたものですが
http://www.nta.go.jp/gensen/nencho/video/nencho21.html

そこには「年末調整の対象とならない人」として
(３)２か所以上から給与の支払を受けている人で、他の給与の支払者に「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」を提出してる人や、年末調整を行うときまでに上記の申告書を提出してない人（月額表又は日額表の乙欄適用者）
と書いてあります。

今回はまさにこれに該当する人なのではということですよね。
扶養控除申告書を提出していなければ乙欄適用者となります。1ヶ所にしか提出できませんので他所に提出してる場合は御社では乙欄適用者となります。
もし甲欄で所得税計算されているならば再計算されて徴収しなければなりません。
正しく税額計算されていればそのまま源泉徴収票を発行すればOKです。

「年末調整のしかた」という冊子はまだお手元に届いてませんか？
まずそれを見ながら考えてみてください。
もしなければfkaikei様が貼られてたものですが
http://www.nta.go.jp/gensen/nencho/video/nencho21.html

そこには「年末調整の対象とならない人」として
(３)２か所以上から給与の支払を受けている人で、他の給与の支払者に「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」を提出してる人や、年末調整を行うときまでに上記の申告書を提出してない人（月額表又は日額表の乙欄適用者）
と書いてあります。

今回はまさにこれに該当する人なのではということですよね。
扶養控除申告書を提出していなければ乙欄適用者となります。1ヶ所にしか提出できませんので他所に提出してる場合は御社では乙欄適用者となります。
もし甲欄で所得税計算されているならば再計算されて徴収しなければなりません。
正しく税額計算されていればそのまま源泉徴収票を発行すればOKです。

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