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まず最初に、判断できないということはありえないと
思いますよ。
判断できないということは、そもそも、その入金は
受け取っていいものかどうかが怪しいということに
なります。
どうしても分からないのなら振り込んできた相手に
聞いてみるのが手っ取り早いでしょう。根拠があって
振り込んできているのでしょうから。

それで答えが出てしまえばこの質問は意味をなさなく
なってしまいますが、一般論としてレスします。
売上か仕入のマイナスか、では、損益的にはプラス
マイナスゼロですから、利益は不変です。
つまり、利益不変＝所得不変で、法人税額には影響が
ありません。
（識者のツッコミ対策で細かい話をさせていただきますと、
例えば試験研究費の総額にかかる税額控除で売上高を
使って控除割合を出すところがありますので、何を売上高に
含めたかで税額計算に影響する場合があります。）

消費税においても、本則課税の場合は仮受消費税−
仮払消費税の差引計算ですから、売上処理であれば
仮受消費税がプラスか出ますし、仕入のマイナス処理で
あれば仮払消費税のマイナスが出ますから、どちらでも
差引計算はプラスマイナス影響無しです。
ただし、簡易課税の場合はずばり影響が出ます。
簡易課税は売上項目のみを使って「簡易」的に消費税を
計算する方法ですので、仕入のマイナス処理をした場合
には計算に使われません。
つまり、仕入のマイナス処理をした場合は、売上を
増やさない分、税額が少なくなることになります。

まず最初に、判断できないということはありえないと
思いますよ。
判断できないということは、そもそも、その入金は
受け取っていいものかどうかが怪しいということに
なります。
どうしても分からないのなら振り込んできた相手に
聞いてみるのが手っ取り早いでしょう。根拠があって
振り込んできているのでしょうから。

それで答えが出てしまえばこの質問は意味をなさなく
なってしまいますが、一般論としてレスします。
売上か仕入のマイナスか、では、損益的にはプラス
マイナスゼロですから、利益は不変です。
つまり、利益不変＝所得不変で、法人税額には影響が
ありません。
（識者のツッコミ対策で細かい話をさせていただきますと、
例えば試験研究費の総額にかかる税額控除で売上高を
使って控除割合を出すところがありますので、何を売上高に
含めたかで税額計算に影響する場合があります。）

消費税においても、本則課税の場合は仮受消費税−
仮払消費税の差引計算ですから、売上処理であれば
仮受消費税がプラスか出ますし、仕入のマイナス処理で
あれば仮払消費税のマイナスが出ますから、どちらでも
差引計算はプラスマイナス影響無しです。
ただし、簡易課税の場合はずばり影響が出ます。
簡易課税は売上項目のみを使って「簡易」的に消費税を
計算する方法ですので、仕入のマイナス処理をした場合
には計算に使われません。
つまり、仕入のマイナス処理をした場合は、売上を
増やさない分、税額が少なくなることになります。

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