編集
そうですね。もちろん実際の走行距離のことです。
自動車のメーターで走行距離を計ってもらうか、あるいは地図に糸を置いて長さを計る等々の方法で計測してください。
追記
前述のホームページの（注）書きがわかりにくいところですが、よく読むと、次の２つのことが書かれています。
1.
「片道の通勤距離が15キロメートル以上の人（たとえば20キロメートルの人）が、電車やバスなどを利用して通勤しているとみなしたときの通勤定期券1か月当たりの金額（たとえば13,000円だったとする。）が、それぞれ表のの限度額（11,300円）を超える場合には、その金額（13,000円）が限度額となります。」
表にある「1か月当たりの限度額」よりも電車やバスで通勤したとした場合の通勤定期券1か月当たりの金額のほうが高い場合には、その定期代の金額を限度額として考えればよいわけです。
2.
「利用できる交通機関が無いときは、通勤距離に応じたJRの地方交通線の通勤定期券1か月当たりの金額で判定しても差し支えありません。」
JRの地方交通線の通勤定期券というのはどうやって調べればよいのか私にはわかりませんが、（鉄道にあまり詳しくないので、そもそもどの路線が地方交通線なのかもわかりませんが。）しかし、似たような距離の区間の定期代を調べて、それを参考にすればよいでしょう。
参考：一般的な月刊冊子型の時刻表に記載されている索引地図では、地方交通線は青の太線で表されているそうです。
なお、このようにして計算された通勤手当については、その計算資料をわかるように保存しておきましょう。
税務調査があったときちゃんと提示できないと、給与課税されてしまうかもしれません。
そうですね。もちろん実際の走行距離のことです。
自動車のメーターで走行距離を計ってもらうか、あるいは地図に糸を置いて長さを計る等々の方法で計測してください。
追記
前述のホームページの（注）書きがわかりにくいところですが、よく読むと、次の２つのことが書かれています。
1.
「片道の通勤距離が15キロメートル以上の人（たとえば20キロメートルの人）が、電車やバスなどを利用して通勤しているとみなしたときの通勤定期券1か月当たりの金額（たとえば13,000円だったとする。）が、それぞれ表のの限度額（11,300円）を超える場合には、その金額（13,000円）が限度額となります。」
表にある「1か月当たりの限度額」よりも電車やバスで通勤したとした場合の通勤定期券1か月当たりの金額のほうが高い場合には、その定期代の金額を限度額として考えればよいわけです。
2.
「利用できる交通機関が無いときは、通勤距離に応じたJRの地方交通線の通勤定期券1か月当たりの金額で判定しても差し支えありません。」
JRの地方交通線の通勤定期券というのはどうやって調べればよいのか私にはわかりませんが、（鉄道にあまり詳しくないので、そもそもどの路線が地方交通線なのかもわかりませんが。）しかし、似たような距離の区間の定期代を調べて、それを参考にすればよいでしょう。
参考：一般的な月刊冊子型の時刻表に記載されている索引地図では、地方交通線は青の太線で表されているそうです。
なお、このようにして計算された通勤手当については、その計算資料をわかるように保存しておきましょう。
税務調査があったときちゃんと提示できないと、給与課税されてしまうかもしれません。
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