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結論から言えば、何でも構いません。
相手企業と取引開始する際に印鑑を登録しているなら別ですが（大手企業は取引開始の際に情報登録カードなどの記入を求めてくるケースが多い）、相手企業にとって確認しようがないのですから、赤いハンコが押してあればそれで十分です。
もし、実印を要求されたら、毎回印鑑証明を添付しろということになりますが、そんな会社は聞いたことがありません。
逆の場合はどうでしょう。御社が注文請書に印鑑を求める場合、どうされていますか？相手先の印鑑の確認をされているのでしょうか。

結論から言えば、何でも構いません。
相手企業と取引開始する際に印鑑を登録しているなら別ですが（大手企業は取引開始の際に情報登録カードなどの記入を求めてくるケースが多い）、相手企業にとって確認しようがないのですから、赤いハンコが押してあればそれで十分です。
もし、実印を要求されたら、毎回印鑑証明を添付しろということになりますが、そんな会社は聞いたことがありません。
逆の場合はどうでしょう。御社が注文請書に印鑑を求める場合、どうされていますか？相手先の印鑑の確認をされているのでしょうか。

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