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>負債の方が多い場合はどのような処理になるんでしょうか？
それは、新法人に引き継がせた資産よりも、引き継がせた買掛金などの負債のほうが大きい場合、という意味でしょうか。
それについては仕訳で考えてみましょう。
（1）個人側（諸資産100、負債140を法人に引き継がせる。）
イ.
未収金 100 ／ 現金預金 10
／ 売掛金 20
／ 建物 30（課税売上げ）
／ 器具備品 25（課税売上げ）
／ 売上 15（課税売上げ）
ロ.
買掛金 140 ／ 未収金100
／ 未払金 40
会社に肩代わりしてもらった負債（買掛金）のほうが大きいので、差額は会社に対する未払債務40が残ります。
（2）法人側
イ.
現金預金 10 ／ 未払金 100
売掛金 20 ／
建物 30 ／
車両 25 ／
仕入 15 ／
ロ.
未払金100 ／ 買掛金 140
未収金 40 ／
個人から引き継いだ債務のほうが大きいので、差額は個人に対する未収債権となります。
考え方のコツは、最初にイ.資産の売却仕訳を確定させてから、ロ.債務を引き継がせて売却代金と相殺する、ということです。
つまり、「資産の売却」と「負債の引継ぎ」を分離して別々に考えるわけですね。
こうすれば消費税法上も、「資産の売却（資産の譲渡等）」と「負債の引継ぎ」は全然別々の関係ない取引となりますので、引き継ぐ負債がたとえいくらであろうとも、それは消費税の計算にはまったく影響しないことになります。
>負債の方が多い場合はどのような処理になるんでしょうか？
それは、新法人に引き継がせた資産よりも、引き継がせた買掛金などの負債のほうが大きい場合、という意味でしょうか。
それについては仕訳で考えてみましょう。
（1）個人側（諸資産100、負債140を法人に引き継がせる。）
イ.
未収金 100 ／ 現金預金 10
／ 売掛金 20
／ 建物 30（課税売上げ）
／ 器具備品 25（課税売上げ）
／ 売上 15（課税売上げ）
ロ.
買掛金 140 ／ 未収金100
／ 未払金 40
会社に肩代わりしてもらった負債（買掛金）のほうが大きいので、差額は会社に対する未払債務40が残ります。
（2）法人側
イ.
現金預金 10 ／ 未払金 100
売掛金 20 ／
建物 30 ／
車両 25 ／
仕入 15 ／
ロ.
未払金100 ／ 買掛金 140
未収金 40 ／
個人から引き継いだ債務のほうが大きいので、差額は個人に対する未収債権となります。
考え方のコツは、最初にイ.資産の売却仕訳を確定させてから、ロ.債務を引き継がせて売却代金と相殺する、ということです。
つまり、「資産の売却」と「負債の引継ぎ」を分離して別々に考えるわけですね。
こうすれば消費税法上も、「資産の売却（資産の譲渡等）」と「負債の引継ぎ」は全然別々の関係ない取引となりますので、引き継ぐ負債がたとえいくらであろうとも、それは消費税の計算にはまったく影響しないことになります。
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