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mrenさんのおっしゃる心配は確かにあります。
そこで、前提を置いて、おたずねの仕訳を考えてみました。

B市からの入金：
預金　2951/未払法人税等2951

100円の差額処理：
未払法人税等100/※法人税等100


なお、上記は、次のような仕訳等を前提としての仕訳です。

前年度末の仕訳：
※法人税等50000/未払法人税等50000

今年納付の仕訳：
未払法人税等50000/預金50000（A市1249、B市48751）

100円の差額：
前年度末の市民税均等割を2市で納付する場合の税額は、次のように計算されます。
税額は、端数処理されるため、1つの市に全額納付する場合にくらべ100円（50000-49900）少なくなります。つまり前年度は、100円過大納付ということになります。
この過大額を、今年修正する処理が、上記の差額処理です。
<税の計算＞
A市（1ヵ月分）、B市（11ヵ月分）として計算されたと推定できます。この結果の税額は、a+b＝49900円となります。
A市の市民税・・・5万円×1ヵ月／12ヵ月＝4166.6円→a 4100円（100円未満切捨て）
B市の市民税・・・5万円×11ヵ月／12ヵ月＝45833.3円→b 45800円（100円未満切捨て）

なお、A市には、不足納付分2851円（4100-1249）の追加納付が次の仕訳で行われていると考えております。
未払法人税等2851/預金2851

○以上は、一般的な処理方法を前提としてのお答えですが、前提とした仕訳が実際のものと異なっている場合は、お知らせください。事実関係がはっきりしていますので、正確なお答えができると思います。

○訂正のお詫び
alo213さんからのレス待ちですが、当初の書き込みを訂正しました。すでにお読みの方には、申し訳ありません。
※100円の差額処理：貸方を「雑収入」と記したが、市民税は損金不算入税のため「法人税等」（＝法人税・住民税及び事業税）に、※前年度末の仕訳：借方を「租税公課」と記したが「法人税等」に、それぞれ訂正した。

mrenさんのおっしゃる心配は確かにあります。
そこで、前提を置いて、おたずねの仕訳を考えてみました。

B市からの入金：
預金　2951/未払法人税等2951

100円の差額処理：
未払法人税等100/※法人税等100


なお、上記は、次のような仕訳等を前提としての仕訳です。

前年度末の仕訳：
※法人税等50000/未払法人税等50000

今年納付の仕訳：
未払法人税等50000/預金50000（A市1249、B市48751）

100円の差額：
前年度末の市民税均等割を2市で納付する場合の税額は、次のように計算されます。
税額は、端数処理されるため、1つの市に全額納付する場合にくらべ100円（50000-49900）少なくなります。つまり前年度は、100円過大納付ということになります。
この過大額を、今年修正する処理が、上記の差額処理です。
<税の計算＞
A市（1ヵ月分）、B市（11ヵ月分）として計算されたと推定できます。この結果の税額は、a+b＝49900円となります。
A市の市民税・・・5万円×1ヵ月／12ヵ月＝4166.6円→a 4100円（100円未満切捨て）
B市の市民税・・・5万円×11ヵ月／12ヵ月＝45833.3円→b 45800円（100円未満切捨て）

なお、A市には、不足納付分2851円（4100-1249）の追加納付が次の仕訳で行われていると考えております。
未払法人税等2851/預金2851

○以上は、一般的な処理方法を前提としてのお答えですが、前提とした仕訳が実際のものと異なっている場合は、お知らせください。事実関係がはっきりしていますので、正確なお答えができると思います。

○訂正のお詫び
alo213さんからのレス待ちですが、当初の書き込みを訂正しました。すでにお読みの方には、申し訳ありません。
※100円の差額処理：貸方を「雑収入」と記したが、市民税は損金不算入税のため「法人税等」（＝法人税・住民税及び事業税）に、※前年度末の仕訳：借方を「租税公課」と記したが「法人税等」に、それぞれ訂正した。

返信

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決算時、どのように処理したのか（未払をたてたのか）、
納付時にどのように仕訳をきったのかがわからないと、
返事がしづらいかと思います。
また、100円の差額というのはいったいどこの差額なのかがわかりません。45,800+2,951=48,751で一致するのでB市関係のことでもなさそうですし。
それから、A市への不足分の納付はすんだのでしょうか？

こういった情報があると、回答がつくかもしれません。

決算時、どのように処理したのか（未払をたてたのか）、
納付時にどのように仕訳をきったのかがわからないと、
返事がしづらいかと思います。
また、100円の差額というのはいったいどこの差額なのかがわかりません。45,800+2,951=48,751で一致するのでB市関係のことでもなさそうですし。
それから、A市への不足分の納付はすんだのでしょうか？

こういった情報があると、回答がつくかもしれません。

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