えーと、会社は税抜方式（仮払消費税・仮受消費税を使う方法）で経理しているのですね。
それから、預金に振り込まれた売却金額は、全部で1,000,000円ではなくて、1,050,000円なのですね？

そういうことであれば、最終的には

　○○預金　1,050,000　／　仮受消費税　50,000
　売却損　　4,000,000　／　建物　　　5,000,000

となります。

消費税の申告書を作成する上で必要な「課税売上げ」の金額を、会計ソフトで集計させる場合には、一度「課税売上げ」の金額を入力しなくてはいけません。
（わかっているとは思いますが。）


一応、念のため税抜方式で仕訳を書いておきます。

1.売却金額1,050,000円を全額収益（課税売上げ）とする。
　○○預金　1,050,000　／　売却益　1,000,000（a）
　　　　　　　　　　　　　　　　　仮受消費税　50,000

2.建物の簿価を費用損失に振替える。
　売却損　5,000,000（ｚ）　／　建物　5,000,000

3.売却益と売却損を相殺する。
　売却益　1,000,000（ｚ）　／　売却損　1,000,000（ｚ）


上記の仕訳をした結果、最初に書いた仕訳とまったく同じになります。