今お手元に
【1】金額相応の収入印紙の箇所および製本テープの
　　 箇所に取引先の割印がされている契約書が2種

【2】製本テープの箇所だけに取引先の割印がされている
　　 契約書が2種
　　 (もしかしたら、こちらにいは、先方の割印が何もなく
　　 まっさらかもしれません）

あると思います。

【1】が御社にて保管するものです。
　　→収入印紙に御社の割印をし、製本テープの先方の
　　　割印の上もしくは下に御社の割印をして保管して
　　　おいてください。

【2】が先方に送り返すものです。

その【2】の契約書には　　　　　
　　*先方が貼付した収入印紙と同じ額の収入印紙を
　　 購入・貼付し割印する
　　*先方が割印している製本テープの箇所の下もしくは
　　 上（たくさん空いてる方で構いません)に割印する。
　　　→先方の割印がない場合は、半分から少し下辺りに
　　　押してあげておけばいいと思います。

先方には
　　*御社が購入して御社の割印だけがしてある収入印紙
　　 が貼付されている
　　*製本テープの箇所に先方と御社の両方の割印が
　　 されている(冒頭に書いたように、【2】の契約書が
　　 まっさらのものである場合は、御社の割印だけの）

契約書が届くことになります。

あとは、先方がその契約書に割印すれば、双方の割印をされた契約書がお互いに保管される状態となります。