デポジット分の500円については何らかの資産科目（例えば保証金等）として、解約するまで計上しておく必要があると思います。解約時に手数料を取られるようですのでその際は、その分を支払手数料といった科目で処理されれば良いと思います。チャージ分については原則は費消されるまでは費用計上できないことになると思いますが、1,000円ずつのチャージであれば（何人に支給するか、1,000円分がどのくらいで使い切られるかにもよりますが）その時点で費用計上しても良いのではないでしょうか。その際はもちろん誰にパスモを支給しているかの管理は確実にしておく必要があると思います。
一度顧問の税理士さんに確認されたほうが確実だとは思いますが・・・