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まず寄付金は、子会社に対する利益供与とか税務上の
解釈は抜きにして、一般的な会計上の寄付金は
完全に見返りを求めないものです。
赤い羽根募金など典型的な例かと思います。
会費は、なんらかの便宜を受けるために支出をするものです。
たとえば、同業者団体に所属し情報交換をする場があったり、
なんらかの統計資料が定期的に送られてきたりとか。
（会費も払うだけで何も見返りがないってことはよくあると
思いますが、それはそもそもその団体に所属する意味が
あるのかっていう根本的な問題で・・・）

で、結論ですが、まず神社という性格上会社と何ら利害関係を
生まないことが明らかなわけで、完全に一方的な支出に
なりますので、寄付金でいいと思いますよ。
別に入会とかしたわけじゃなくて、今年もお願いします、
みたいな感じで名目が「会費」として依頼が来ていて、
建前としては会社の「善意」で払っているのですよね。

ご参考：
http://www.taxanswer.nta.go.jp/5262.htm

まず寄付金は、子会社に対する利益供与とか税務上の
解釈は抜きにして、一般的な会計上の寄付金は
完全に見返りを求めないものです。
赤い羽根募金など典型的な例かと思います。
会費は、なんらかの便宜を受けるために支出をするものです。
たとえば、同業者団体に所属し情報交換をする場があったり、
なんらかの統計資料が定期的に送られてきたりとか。
（会費も払うだけで何も見返りがないってことはよくあると
思いますが、それはそもそもその団体に所属する意味が
あるのかっていう根本的な問題で・・・）

で、結論ですが、まず神社という性格上会社と何ら利害関係を
生まないことが明らかなわけで、完全に一方的な支出に
なりますので、寄付金でいいと思いますよ。
別に入会とかしたわけじゃなくて、今年もお願いします、
みたいな感じで名目が「会費」として依頼が来ていて、
建前としては会社の「善意」で払っているのですよね。

ご参考：
http://www.taxanswer.nta.go.jp/5262.htm

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