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補足する

　週休2日制で、月給制と年俸制の社員とが存在します。
　年間の所定出勤日数は240日（月平均では20日）です。
　賞与は、夏(6月)・冬(12月)とも各3ケ月分とします。
　欠勤の場合は無給と定めてありますが、欠勤控除の計算の仕方の細部について疑問が湧いてきましたので投稿させていただきます。

(1)月給制社員についての欠勤控除
　欠勤1日につき、1日当りの年間平均賃金を控除することとしています。
　例えば、給与月額が20万円の場合、欠勤1日につき1万円を控除します。
　今、この社員が2月（所定出勤日数=18日）に全欠勤した場合、18万円が控除されますので、2万円（20-18万円）の支給となります。
　一方、3月（所定出勤日数=22日）に全欠勤した場合、22万円が控除されますので、計算上は△2万円の支給（社員から2万円を徴収？）となりますが、月給制ゆえ、ある月の給与が「マイナス」なんてありえないことから、「3月の給与はゼロ」としています（っていうか、ゼロとせざるを得ません）。
　単純に年間平均の賃金に日数を乗じる計算だと、全欠勤など極端なケースでは矛盾めいたこと（不都合）が発生します。
　ともあれ、月給制社員に対しては、上記方法で社員からの文句はなかろうと考えます。
　ちなみに、欠勤日数に応じて賞与も割り引くこととしています。6月の賞与は前年10月から今年の3月までの間の欠勤日数に応じて、また12月の賞与は4月から9月までの間の欠勤日数に応じて、という具合です。
※勿論、別の計算方式を採用すれば給与が△などという事態は避けられることは承知していますが、ともかく上記の計算方式を採用する限り、△2万円を戻入させたり翌月の給与から差し引くなんてことは法律上許されませんよねぇ。

(2)問題は年俸制社員についての欠勤控除なのですが・・・。
　年俸制の社員には、例えば4月から翌年3月までの年俸を360万円と定め、各月20万円、夏・冬にさらに各60万円、年間合計360万円を支給することとしています。
　で、この社員が仮に2月と3月を全欠勤した場合、4月以降1月まで、夏・冬の分も合わせて合計320万円（=20万円×10+60万円×2）が既に支給されています。
　一方、この社員には、たまたま給与の支給形態を月給制社員と似せて夏・冬に多く支給しているだけで、あくまで年俸制ですので、賃金単価は1日当り15,000円（=360万円÷240日）と考えられます。
　よって、この社員は4月から1月末までの200日に出勤し300万円（15,000円×200日）分の労働しかしていないのに320万円が既に支給されている計算になります。

　以上、前置きが長くなりましたが、質問です。
　(2)のような場合、「年俸の精算」ということで20万円を取り戻す（戻入させる）ことは法的に問題ないでしょうか。勿論、あらかじめ規程などにそのことを明示したうえでの話ですが。

　週休2日制で、月給制と年俸制の社員とが存在します。
　年間の所定出勤日数は240日（月平均では20日）です。
　賞与は、夏(6月)・冬(12月)とも各3ケ月分とします。
　欠勤の場合は無給と定めてありますが、欠勤控除の計算の仕方の細部について疑問が湧いてきましたので投稿させていただきます。

(1)月給制社員についての欠勤控除
　欠勤1日につき、1日当りの年間平均賃金を控除することとしています。
　例えば、給与月額が20万円の場合、欠勤1日につき1万円を控除します。
　今、この社員が2月（所定出勤日数=18日）に全欠勤した場合、18万円が控除されますので、2万円（20-18万円）の支給となります。
　一方、3月（所定出勤日数=22日）に全欠勤した場合、22万円が控除されますので、計算上は△2万円の支給（社員から2万円を徴収？）となりますが、月給制ゆえ、ある月の給与が「マイナス」なんてありえないことから、「3月の給与はゼロ」としています（っていうか、ゼロとせざるを得ません）。
　単純に年間平均の賃金に日数を乗じる計算だと、全欠勤など極端なケースでは矛盾めいたこと（不都合）が発生します。
　ともあれ、月給制社員に対しては、上記方法で社員からの文句はなかろうと考えます。
　ちなみに、欠勤日数に応じて賞与も割り引くこととしています。6月の賞与は前年10月から今年の3月までの間の欠勤日数に応じて、また12月の賞与は4月から9月までの間の欠勤日数に応じて、という具合です。
※勿論、別の計算方式を採用すれば給与が△などという事態は避けられることは承知していますが、ともかく上記の計算方式を採用する限り、△2万円を戻入させたり翌月の給与から差し引くなんてことは法律上許されませんよねぇ。

(2)問題は年俸制社員についての欠勤控除なのですが・・・。
　年俸制の社員には、例えば4月から翌年3月までの年俸を360万円と定め、各月20万円、夏・冬にさらに各60万円、年間合計360万円を支給することとしています。
　で、この社員が仮に2月と3月を全欠勤した場合、4月以降1月まで、夏・冬の分も合わせて合計320万円（=20万円×10+60万円×2）が既に支給されています。
　一方、この社員には、たまたま給与の支給形態を月給制社員と似せて夏・冬に多く支給しているだけで、あくまで年俸制ですので、賃金単価は1日当り15,000円（=360万円÷240日）と考えられます。
　よって、この社員は4月から1月末までの200日に出勤し300万円（15,000円×200日）分の労働しかしていないのに320万円が既に支給されている計算になります。

　以上、前置きが長くなりましたが、質問です。
　(2)のような場合、「年俸の精算」ということで20万円を取り戻す（戻入させる）ことは法的に問題ないでしょうか。勿論、あらかじめ規程などにそのことを明示したうえでの話ですが。

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　まずは、質問者の立場から補足させていただきます。

　日給月給制の場合の欠勤控除の方式として、

(1)年間統一単価に欠勤日数を掛けた金額を控除
(2)月ごとの単価に欠勤日数を掛けた金額を控除
(3)折衷案として、年間統一単価を用い、
・欠勤10日以内なら減額の額を計算する。
・欠勤11日以上なら支給額を計算する。

などという方式があるようです。

　勿論、どの方式も、"基本的には"違法でないことははっきりしています。
　ただし、理屈っぽく考えると、どの方式も論理に矛盾なしとしませんよね。

　ま、さておき、私の当初の疑問は、(1)の場合、月給制の社員について「お前の今月の給与はマイナス２万円だから２万円持ってこい」などということが果たして許されるのだろうか、ということでした。
「月給」ですから、１ケ月単位で給与は決定されて然るべきで、１ケ月全く労働しなかったから１銭も支給しないよ、というのはわかりますが、「金を持ってこい」というのは明らかに変ではないかと。

　でも、「変さ加減」はともかくとして、(2)だっておかしいですよね。継続して雇われている人間が、ある月に１日欠勤すれば○○円減額、別の月に１日欠勤すれば××円減額、というのは考えようによってはこれまた変ですよねぇ。
　そういう意味では、ワタクシ的には(1)が最も論理的のような気がします。で、問題になるのが、「月給制なのに、ある月の給与がマイナスになる」だとか、yujunさん仰せの「１日出勤したのにマイナスかい？」という疑義でしょうけれども、逆に全欠勤の場合でも「残る」場合があるわけで、そういう意味では論理に筋が通っていると考えます。しかも、法律上でそのような事態を禁じているわけでもないようなんです。もっとも、傷病手当金の請求の際には協会担当者に対する説明には苦慮するでしょうけれども。

　マイナスでも本当に「法に触れない」のか、お墨付きがほしいのでした。どなたか、お墨付きを・・orz。

（蛇足）ネットサーフィンしても、専門家？らしき人の意見（どれがお勧めか）も千差万別でした。そのなかでもっともらしかったのは、傷病手当金の待機期間である「3日」をにらんで、3日を境に(3)でいう折衷案を用いるのが得だ、なんていうのもありました。最後は社員および会社の損得勘定（国に対する）で決めるのしょうかねぇ。理屈は大同小異ゆえ。

（追記）ちょっと見落としていましたが、
>割増賃金についても、欠勤控除・遅刻早退控除についても、その金額が月によって変わります。
の部分ですが、労基法施行規則第19条第1項第4号に、いわゆる月給者に対する超勤単価計算の際の「分母」に関する記載があり、「年間統一単価」でないと具合が悪いように読み取れます。

　まずは、質問者の立場から補足させていただきます。

　日給月給制の場合の欠勤控除の方式として、

(1)年間統一単価に欠勤日数を掛けた金額を控除
(2)月ごとの単価に欠勤日数を掛けた金額を控除
(3)折衷案として、年間統一単価を用い、
・欠勤10日以内なら減額の額を計算する。
・欠勤11日以上なら支給額を計算する。

などという方式があるようです。

　勿論、どの方式も、"基本的には"違法でないことははっきりしています。
　ただし、理屈っぽく考えると、どの方式も論理に矛盾なしとしませんよね。

　ま、さておき、私の当初の疑問は、(1)の場合、月給制の社員について「お前の今月の給与はマイナス２万円だから２万円持ってこい」などということが果たして許されるのだろうか、ということでした。
「月給」ですから、１ケ月単位で給与は決定されて然るべきで、１ケ月全く労働しなかったから１銭も支給しないよ、というのはわかりますが、「金を持ってこい」というのは明らかに変ではないかと。

　でも、「変さ加減」はともかくとして、(2)だっておかしいですよね。継続して雇われている人間が、ある月に１日欠勤すれば○○円減額、別の月に１日欠勤すれば××円減額、というのは考えようによってはこれまた変ですよねぇ。
　そういう意味では、ワタクシ的には(1)が最も論理的のような気がします。で、問題になるのが、「月給制なのに、ある月の給与がマイナスになる」だとか、yujunさん仰せの「１日出勤したのにマイナスかい？」という疑義でしょうけれども、逆に全欠勤の場合でも「残る」場合があるわけで、そういう意味では論理に筋が通っていると考えます。しかも、法律上でそのような事態を禁じているわけでもないようなんです。もっとも、傷病手当金の請求の際には協会担当者に対する説明には苦慮するでしょうけれども。

　マイナスでも本当に「法に触れない」のか、お墨付きがほしいのでした。どなたか、お墨付きを・・orz。

（蛇足）ネットサーフィンしても、専門家？らしき人の意見（どれがお勧めか）も千差万別でした。そのなかでもっともらしかったのは、傷病手当金の待機期間である「3日」をにらんで、3日を境に(3)でいう折衷案を用いるのが得だ、なんていうのもありました。最後は社員および会社の損得勘定（国に対する）で決めるのしょうかねぇ。理屈は大同小異ゆえ。

（追記）ちょっと見落としていましたが、
>割増賃金についても、欠勤控除・遅刻早退控除についても、その金額が月によって変わります。
の部分ですが、労基法施行規則第19条第1項第4号に、いわゆる月給者に対する超勤単価計算の際の「分母」に関する記載があり、「年間統一単価」でないと具合が悪いように読み取れます。

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